中山大学附属第一医院的医院组织架构分为院本部和黄埔院区两个部分，分别详细列举了科级和专科级的业务科室。
在院本部，内科部分包括血液内科、消化内科、呼吸内科、肾内科、风湿内科、内分泌内科、普通内科、内镜中心以及内科门诊等。外科则有普通外科、胃肠胰外科、血管甲状腺外科、神经外科、肝胆外科、烧伤外科、泌尿外科、小儿外科、整形修复外科、胸外科、微创外科和外科实验中心等。此外，妇产科设有妇科、产科、生殖医学中心和儿科等，神经科、心血管医学部、骨科—显微外科医学部、耳鼻咽喉科、中医科、皮肤科、口腔科和眼科等科系也均有相应的专科。
黄埔院区的科室设置有所不同，有感染科、心血管内科、神经三科、普通内科、外科各科室、上肢骨科、下肢骨科、脊柱外科、妇科、产科、儿科、康复科、急诊科、麻醉手术科、五官科、中皮科、放射科、检验科、药剂科、高压氧科、血库、B超室、预防保健科以及东校区门诊部等。
病理科、骨科研究所和病案统计室是两个院区共享的重要支持部门，负责医学研究和数据管理。
以上是中山大学附属第一医院的组织架构概览，为患者和医疗人员提供了清晰的科室分类和职能划分。
中山大学附属第一医院（简称中山一院）是中国重点大学——中山大学附属医院中规模最大、综合实力最强的附属医院，始建于1910年，现为国家三级甲等医院和国家爱婴医院，由院本部、黄埔院区和东山院区三个院区组成，是华南地区医疗、教学、科研、预防保健和康复的重要基地，素以“技精德高”在中国和东南亚一带久负盛名，2004年被评为“香港人最信赖的中国内地医疗机构”。