济宁市嘉祥县发改局的机构设置主要包括多个科室，各司其职，推动当地经济和社会发展。
办公室: 负责机关日常政务，包括会议组织、文电管理、档案、信息保密、接待、考核、人事工资管理、教育培训，以及财务、车辆、后勤服务和资产管理等工作。同时处理党务、计划生育、安全保卫、社会稳定等事务。
综合科: 研究经济发展战略，起草中长期规划和年度计划，分析经济形势，提出对策建议，研究上级扶持政策，负责国民经济潜力调查等。
农业经济科: 研究农村经济，提出发展对策，制定规划，促进农业结构调整，负责农业开发和项目协调工作。
投资科: 研究产业政策，制定投资计划，监督专项资金使用，负责固定资产投资统计和协调。
工业经济科: 研究工业发展政策，拟订工业规划，促进工业发展，负责高新技术产业发展。
财贸和社会发展科: 研究流通体制改革，协调进出口工作，编制社会事业规划，负责项目申报和资金管理。
体改办: 起草体制改革方案，指导企业改革，协调部门改革，负责企业上市指导工作，管理中介机构。
重点项目办公室: 协调重大项目，管理国家投资项目，负责行政审批服务和文件起草。
农业区划办公室: 研究农业区划政策，承担上级任务，负责文件起草。
考核工作办公室: 起草考核文件，组织年度考核。
服务业办公室: 制定服务业规划，协调指导服务产业发展，争取资金支持，管理示范项目。
压煤村庄搬迁办公室: 负责压煤村庄搬迁及塌陷地处理相关事宜。