伤寒派。伤寒派因张仲景的《伤寒论》而问世。伤寒派是问世最早的流派。张仲景介绍的辨证方法是六经辨证。其中还有明显的药证辨证和方证辨证，以及体质辨证的例子。张仲景的伤寒论对于中医的兴旺有着极其重要的贡献。许多历史上的名医都承认他们的医术之提高极大程度上得益与对伤寒论的研究。可以说不懂伤寒论，难以成名医。
脾胃派。该派由李东垣创立。也叫作补土派。李东恒创立《脾胃论》学说，认为脾胃是水谷气血之海，后天之本，虚则百病丛生，主张疾病由补脾胃，从脾胃着手论治。
滋阴派。由朱丹溪创立。该派治疗以滋阴为主。他创立“阳常有余，阴常不足”的论点，强调保护阴气的得要性，确立“滋阴降火”的治则，为倡导滋阴学说，打下牢固的基础。朱丹溪的医学成就，主要是“相火论”、“阳有余阴不足论”，并在此基础上，确立“滋阴降火”的治则，倡导滋阴学说及《局方发挥》一书，对杂病创气、血、痰、郁的辨证方面。其他，如恶寒非寒、恶热非热之论，养老、慈幼、茹淡、节饮食、节情欲等论，大都从养阴出发，均对后世有深远的影响。
寒凉派。由刘完素 (刘河间) 为主。金元四大医学家之一，研究五运六气，为“寒凉派”的创始人。他发挥《内经》理论，提倡火热论，并重视针灸治法，临床施治重视井穴、原穴。并喜用五□穴，以火热论思想指导针灸临床，形成了以清热泻火为基点的针灸学术思想，对金元以后的医家影响很大。他还倡伤寒火热病机理论，主寒凉攻邪，善用防风通圣散、双解散等方治疗。
温补派。指由张景岳，薛己主导的温补阴阳的流派。他初创了“温补学说”，提出“阴常不足，阳本无余”的著名论点。他认为人的生气以阳为主，难得而易失的为阳，既失而难复的也是为阳。他主张补益真阴元阳，攻邪必先扶正，反对轻率地使用寒凉药和攻伐方药，而以温补为宗。他治疗虚病，也多以补肾为主，极力推崇薛立斋常用的八味丸即肾气丸。《金匮要略》方。由干地黄、山药、山茱萸、泽泻、茯苓、牡丹皮、桂枝、炮附子等炼成蜜丸补火，六味丸补水的办法，认为能独得其妙，并在以上方剂的基础上，化裁出左归丸。由熟地、山药、山茱萸、杞子、菟丝子、鹿角胶、杜仲、当归、肉桂、制附子炼成蜜丸和左归饮、右归饮等名方，以作治疗命门(肾)元阴和无阳衰微的主方。
温病学派。叶天士为代表。该派用药多以寒凉轻灵为特点。崇尚阴柔，恣用寒凉，治病喜欢补而害怕攻下，喜轻避重，讲究平和。用药大都是桑叶，菊花，金银花，连翘，丝瓜络，豆豉，薄荷等所谓轻灵之药。畏麻黄，附子，大黄，干姜，硫磺等如畏虎。该派对现代中医的影响极深。
火神派。该派脱胎与伤寒派，但更主张补阳为先。所以该流派也叫作温阳派和扶阳派。代表人物是郑钦安。后人有吴佩衡，祝味菊，范中林，唐步祺，卢崇汉等。山西的李可老先生也属于这一派。该派辨证特重阴和阳。用药特点是用大量的附子，干姜，肉桂，麻黄等等。
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