育种的目标主要包括:食物转换率、生长率、抗性、肉质、其他：繁殖力、起捕率等。
育种目标是育种工作的依据和指南。如果育种目标不科学合理、忽高忽低、时左时右，或者不够明确具体，则育种工作必然是盲目迸行。育种的人力、物力、财力和新途径、新技术很难发挥应有的作用，难以取得成功和突破。
农作物育种目标一般可以分为产量性状目标、品质性状目标、成熟期目标、对抗病虫害的耐受性目标、对环境胁迫的耐受性目标、对保护地栽培环境的适应性目标等几大方面。具体要由育种者根据作物品种及生产需求设定一个或者几个目标，指导育种工作的进行。
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