内部控制缺陷是指公司内部控制的设计或运行无法合理保证内部控制目标的实现。
按照内部控制缺陷的本质分类
(1)设计缺陷
设计缺陷是指企业缺少为实现控制目标的必需控制，或现存的控制并不合理及未能满足控制目标。分为系统的缺陷和手工的缺陷。
(2)运行缺陷
运行缺陷是指设计合理及有效的内部控制，但在运作上没有被正确地执行。包括不恰当的人员执行，未按设计的方式运行，如频率不当等。例如：“物资采购申请金额已超其采购权限，却未向上级公司申请安排大宗物品采购”(这存在权限管理规定，却未在实际操作中妥善执行)。
按照内部控制严重程度分类
(1)重大缺陷
重大缺陷也称实质性漏洞，是指一个或多个控制缺陷的组合，可能严重影响内部整体控制的有效性，进而导致企业无法及时防范或发现严重偏离整体控制目标的情形。
(2)重要缺陷
重要缺陷是指一个或多个一般缺陷的组合，其严重程度低于重大缺陷，但导致企业无法及时防范或发现严重偏离整体控制目标的严重程度依然重大，需引起管理层关注。例如，有关缺陷造成的负面影响在部分区域流传，为公司声誉带来损害。
(3)一般缺陷
是指除重要缺陷、重大缺陷外的其他缺陷。