办理食品经营许可证前提是必须要有营业执照。然后到工商局去申请办理卫生许可证，办理卫生许可证需要提供申请者的健康证，健康证需要到二级医院以上体检合格后医院才会出具健康证，所以整个流程下来就是办健康证的体检费用会比较多，卫生许可证只要几元左右的工本费，体检费用就因地而异了。
法律依据：《食品经营许可管理办法》第九条 申请食品经营许可，应当先行取得营业执照等合法主体资格。企业法人、合伙企业、个人独资企业、个体工商户等，以营业执照载明的主体作为申请人。机关、事业单位、社会团体、民办非企业单位、企业等申办单位食堂，以机关或者事业单位法人登记证、社会团体登记证或者营业执照等载明的主体作为申请人。