1965年生于陕西省西安市。
1988年毕业于清华大学建筑系。
1983-1988 北京 清华大学 建筑学学士
1989-1991 美国宾州宾夕法尼亚大学美术研究生院 建筑学硕士 在宾夕
法尼亚大学期间，曾获得Shenck-Woodman欧洲旅行奖。
1991年毕业时获Frank-Miles Day荣誉毕业并取得建筑硕士学位。毕业后曾先后在费城Ballinger及纽约KPF任设计师、高级设计师，成为这两个建筑事务所的主要设计力量。在Ballinger期间，为该公司从服务型事务所转化为设计型事务所立下汗马功劳。在KPF期间成为该事务所早期东南亚工程事务的开拓型成员之一。
1992年开始，马清运先生开始在宾夕法尼亚大学美术研究生院任客座教授。
1995年 在纽约成立马达思班建筑师事务所。
1995年任中国深圳大学建筑系客座教授及设计院院长助理。
1996年，马清运参与并协助了国际知名建筑师Rem Koolhaas 在哈佛大学举行的珠江三角洲城市状态的研究，并成为Koolhaas先生《大跃进》(Great Leap Forward)一书的评论员（Commentator）
1997年成为宾夕法尼亚大学艺术研究生院的全职教师，任研究生主线设计工作室（core studio）教授及毕业论文的导师。
1997年马清运更被Rem Koolhaas推荐参加在法国蓬皮杜艺术中心（Pompidou Center）举办的题为新世纪建筑的趋势的演讨及展览会，成为21位世界范围内选择出的青年建筑师中唯一的中国人。作品在ARCHITECTURAL RECORD（美国）、A+U(日本)、SPACE DESIGN（日本）、BUWELD（德国）等国际性刊物上发表，并参加威尼斯双年展（Venice Biennale）、德国柏林Aedes East亚太周的中国建筑五人展等国际性展览。
1999年在中国设立马达思班建筑设计事务所，总部上海。
2001年3月马清运在接待国际奥委会评估团对北京申办2008年奥运会评估考察工作中，是第二位发表演讲的陈述专家。马清运在对主题10奥运村进行的陈述中包括了北京城市发展原则、发展远景及奥运村规划等。此举为北京申办2008年奥运会成功做出了积极的贡献。
2003年，与荷兰大都会建筑事务所Rem Koolhaas合作北京央视大厦和北京CBD核心区。对北京CBD核心区的规划发展提出了独特有力的见解。
2006年起应邀出任美国南加州大学建筑学院院长，成为了第一位在国外院校任职的华人院长，并于同年创建了美国中国学院（AAC）。
2007年，马清运受深圳市政府的邀请，担任2007深圳·香港双城/双年展的主策展人，以“城市再生”的主题掀起了对建筑、规划的重新讨论。
2009年至今，马清运先生担任洛杉矶市长城市发展建筑设计顾问，并受加州迪士尼总部邀请，担任迪士尼上海项目顾问。
2010年，马清运被美国《商业周刊》同 Rem Koohaas、Zaha Hadid一道评为全球“最具影响力的设计师”。同年，受国际展览局之邀，担任中国2010年上海世博会官方参展者评奖委员会委员。
