生态功能分区是依据区域生态环境敏感性、生态服务功能重要性以及生态环境特征的相似性和差异性而进行的地理空间分区。
区划依据和分区等级
分区等级
生态功能区划分区系统分三个等级。为了满足宏观指导与分级管理的需要，必须对自然区域开展分级区划。首先从宏观上以自然气候、地理特点划分自然生态区；然后根据生态系统类型与生态系统服务功能类型划分生态亚区；最后根据生态服务功能重要性、生态环境敏感性与生态环境问题划分生态功能区。
区划依据
生态功能区划的依据，即划分各级生态功能区划单位的根据。不同层次的生态功能区划单位，其划分依据应是不同的。 生态功能区划进行3级分区。
一级区划分：以中国生态环境综合区划三级区为基础(参看附件E)，各省市可根据管理的要求及生态环境特点，做适当调整。
二级区划分：以主要生态系统类型和生态服务功能类型为依据。城市及城市近郊区可以作为二级区。
三级区划分：以生态服务功能的重要性、生态环境敏感性等指标为依据。
分区方法
一般采用定性分区和定量分区相结合的方法进行分区划界。边界的确定应考虑利用山脉、河流等自然特征与行政边界。
（1）一级区划界时，应注意区内气候特征的相似性与地貌单元的完整性。
（2）二级区划界时，应注意区内生态系统类型与过程的完整性，以及生态服务功能类型的一致性。
（3）三级区划界时，应注意生态服务功能重要性、生态环境敏感性等的一致性。
分区命名
依据3级分区分别命名，每一生态功能区的命名由3部分组成。
一级区命名要体现出分区的气候和地貌特征，由地名+特征+生态区构成。
气候特征包括湿润、半湿润、干旱、半干旱、寒温带、温带、暖温带、（南、中、北）亚热带、热带等，地貌特征包括平原、山地、丘陵、河谷等。命名中择其重要或典型者用之。
二级区命名要体现出分区的生态系统与生态服务功能的典型类型，由地名+类型+生态亚区构成。
生态系统类型包括森林、草地、湿地、荒漠、河口、滩涂、农田、城市等。命名中择其重要或典型者用之。
三级区命名要体现出分区的生态服务功能重要性、生态环境敏感性的特点，由地名+生态服务功能特点（或生态环境敏感性特征）+生态功能区构成。
生态服务功能特点包括荒漠化控制、生物多样性保护、水源涵养、水文调蓄、土壤保持、海岸带保护等。生态环境敏感性特征包括土壤侵蚀、沙漠化、石漠化、盐渍化、酸雨敏感性等，命名中择其重要或典型者用之。
生态功能分区概述
生态功能分区概述结果应包括对每个分区的区域特征描述，包括以下内容：
(1) 自然地理条件和气候特征，典型的生态系统类型。
(2) 存在的或潜在的主要生态环境问题，引起生态环境问题的驱动力和原因。
(3) 生态功能区的生态环境敏感性及可能发生的主要生态环境问题。
(4) 生态功能区的生态服务功能类型和重要性。
(5) 生态功能区的生态环境保护目标，生态环境建设与发展方向。
生态功能分区的图件和数据库
生态功能分区的结果必须用图件表示，采用计算机制图编制。同一地区各种图件的比例尺要保持一致，各省应根据省域范围与生态环境地域复杂情况确定合适的比例尺。所有图件和基础数据要汇编成数据库。
8.6.1 基础图件应包括地形图、气候资源图、植被图、土壤图、土地利用现状图、行政区划图、人口分布图等。
8.6.2 备选图件应包括自然区划图、气候区划、农业区划图等。
8.6.3 成果图件应包括生态环境现状图、生态环境敏感性分布图、生态服务功能重要性分布图、生态功能区划图等。
