牡丹多数品种易从根颈处发出很多萌蘖枝，每个枝条上部也易发出几条1年生分枝。发枝过多不及时除去，势必造成枝条丛生细弱，交错重叠，徒耗一部分养分，为此要整枝修剪。其目的是：使植株保持均衡适量的枝条和美观匀称的株型，维持地上与地下部分的生长平衡，通风透光，集中养分促使根部生长、花芽充实。实践证明，牡丹花开的好坏、开花多少、根系生长都和整形修剪的技术水平高低有直接关系，此项技术是牡丹田间管理工作中的一项极其重要的措施。
牡丹的整形修剪工作在分栽后的第二年春天开始，时间一般在3月下旬（春分）前后，当嫩芽长至5厘米左右高时进行。过早嫩枝长势不明显，不便去弱留强，气温低也易受冻害；过晚新枝伸长，萌蘖枝（土芽）已木质化，叶片增大，耗费养分。因此，要适时整形修剪。
定枝也叫定股，就是在牡丹丛生的萌蘖枝中，选留几条生长健壮、分布均匀、长势匀称的枝条，定为植株的枝干。长势旺、生长量大的品种，如洛阳红、乌龙捧盛等，可留6～10枝；长势弱、发枝力差的品种，如景玉、紫魁等，可稍加修剪甚至任其生长。随着牡丹生长年限的增加，枝数也可随之增加。每年可选留一定数量的粗壮萌蘖枝，培养成主枝。一般5年生的催花品种以留8～12枝为宜。如老枝遭受损伤，可用粗壮萌蘖枝培养、更新老枝，使株形完美。
牡丹每年早春发出很多萌蘖枝，长势较猛，如不及时剪除，时间越长，争肥水越多，往往导致老枝早衰或死亡。为此，2年生以上的牡丹除选留补充、更新用的萌蘖枝之外，其余的于3月下旬（春分）前后，从牡丹根颈部彻底掰掉，不使其重发。
牡丹每个枝条上部一般分叉为2～3个开花枝条，交错互生，花枝以下还生有数个叶丛枝及不定芽。为集中养分，使花枝生长健壮，花大色艳，生长4～5年的牡丹一般只在每一个枝顶端选留一个主花枝，其余的侧花枝应及时剪掉，多余的叶丛枝及不定芽也应去掉。干枯枝和损伤枝、病枝也要及时剪掉。对侧枝的修剪技术要求较高，必须做到修剪合理，即剪掉重叠、内向、交叉枝，使株形丰满，通风透光，花芽饱满，还可利用顶端优势特性，将过高的顶芽剪去，使下部芽萌发，可调整株丛均衡。
适宜催花的品种植株事先选好后，为避免自然开花消耗养分，于当年清明节前，要剪除所有的花蕾，不让其开花。