秦始皇和吕不韦是君臣关系，由于秦始皇的母亲曾经只是吕不韦的妾室，所以后人会猜测秦始皇其实是吕不韦的儿子。
后人一直猜测秦始皇的真正父亲是吕不韦，但历史事实并不是如此。秦始皇的母亲赵姬曾经是商人吕不韦买来的妾室，在一场歌舞会上秦始皇的父亲看中了此女，吕不韦觉得这是个大好机会，于是吕不韦也就献出了赵姬，后来嫁到宫里也就生下来了秦始皇，这样看确实跟吕不韦并没有任何的关系。
但根据野史记载，吕不韦是非常狡猾的商人，这都是他事先算好的计谋。吕不韦先是在赵国看中了应该貌美的歌姬，甚至看出歌姬的胎像是个男孩，于是在一场歌舞会上故意让赵姬斟酒，然后异人也就顺理成章的进入陷阱，在吕不韦假装醉酒睡着的时候，二人眉目传情，十分得意。于是在时机成熟吕不韦醒来大声呵斥异人的作为。后来异人为了得到此女并且让吕不韦息事宁人，答应了他的立此女为正室，并且生下的孩子要是嫡子，继承大统的条件。
后来，嬴政也就顺理成章的成为了秦始皇。但后来为了稳固自己的地位和名声，也想掩盖民间的各自流言，也做出了许多政绩让百姓刮目相看。秦朝的良好发展也都是秦始皇的统治有方，但可惜秦始皇死后，这一盛世便逐渐衰弱，最终在秦二世的暴政下秦朝灭亡。
按照正史记载，秦始皇叫吕不韦为亚父，但是现在许多人都会说到吕不韦和秦始皇，其实是父子的关系，主要是由于秦始皇的母亲赵姬以前在吕不韦的府上当姬妾。
为什么现在许多人都怀疑吕不韦和秦始皇的关系呢？主要是在于秦始皇的母亲赵姬曾经是吕不韦进献给秦始皇的父亲，也就是历史上有名的秦襄王，当时的秦王非常的好女色，当时的吕不韦正处在事业的上升期，吕不韦想要获得秦襄王的重视，所以把自己身边最美貌的赵姬进献给了秦襄王，但实际上赵姬正是吕布为自己的姬妾，而赵姬嫁给秦襄王后不久，秦始皇嬴政就出生了，这更是让人不得不去怀疑，赵姬是肚子里面怀着吕不韦的儿子，嫁给了当时的秦襄王。
当然，有人怀疑秦始皇和吕不韦的关系主要是在于嬴政是早产儿，但是从历史可考的材料出发嬴政其实是足月出生的，同时这也并不排除有人特意借历史来胡乱猜测。
当然还有一种原因就是秦始皇当上君王之后非常的重用吕不韦，而在秦襄王时期，吕不韦其实是并不受重视的，秦始皇对吕不韦这种非常尊敬的态度，让人不得不产生这种怀疑，秦始皇对于不为亦师亦友，亦尊重亦考虑的态度，虽说吕不韦是两朝元老，但实际上秦始皇会这么看重吕不韦，有一部分是因为自己父亲的原因，当时的吕不韦作为一介商人，富可敌国，但是他愿意为了异人（秦襄王）散尽家财，帮助异人登上皇位。
当时的秦襄王对待吕不韦其实还算不错，最主要的是秦始皇看上了吕不韦的才能，希望可以为自己所用。