生命科学科研工作者应该学会使用哪些软件

Question

如题所述

Answer 1

文献管理与分析：
EndNote X1，文献管理软件，平时方便论文管理，写文章的时候插入文献也是相当的方便；
RefViz 2.1，文献分析软件，与EndNote结合使用，分析文献，可以省掉大把自己看自己归纳的时间；
ReferenceManager似乎很久没有更新了，Thomoson看来以后可能只管EndNote了。

2.分子生物学综合软件：
Vector NTI 10.3，分子生物学的综合软件，什么功能几乎都全了；
BioEdit 7，杂七杂八的功能凑在一起的一个分子生物学软件，有些罕见的Vector NTI所没有的功能；
DNAMAN 6，与Vector NTI类似的一个软件，但是图型化上做的很差，集成度和序列的管理功能比Vector NTI差的不是一点点，罕用，但有时候有些序列的格式非得要用它的样子排，没有办法；

3. 大分子二维/三维结构绘图软件：
PyMol 0.99，有1.0，可惜要钱了，也没有P-J。蛋白质三维结构查看软件，神奇的就在于它可以编辑小范围内的结构；
DeepViewer 3.7，PDB Viewer的换汤不换药升级版，在预测功能上有所突破，期待新版本的出现令其可与PyMol有的一拼，谁叫PyMol在Windows下开始收钱呢？为了一个PyMol装个Linux似乎还没有这样大的动力；
RNADraw 1.1，RNA和DNA二级结构的分析软件，可以分析做PCR的时候的引物的二聚体，更直观一些；
Accelery Insight II，Linux下的大型三维结构模拟软件，2.1 G！据称是非常强大。为了这个装个Linux似乎还说的过去。

4. 质粒绘图软件：
Vector NTI和DNAMAN其实也可以画，但是不如下面这几个来的专业或方便：
SimVector 4，与Primer Premier同一家公司的软件，画质粒的一个软件，效果还行，与VectorNTI画出来的风格不一样，有的杂志喜欢；
WinPlas 2.7，很老的质粒绘图软件，很久没有升级了，画出来的质量非常差，可是小，比较快；
Visual Cloning 3.2.4，一个界面豪华的质粒及克隆整个过程的画图软件，大而慢，选用。

5. 引物设计软件：
Primer premier 5，引物设计软件，大家都用，我也用；
Oligo 6.7包1，引物设计软件，大家都用，我还用，设计Fusion PCR和In-Fusion连接的引物的时候，比Primer premier直观一些；
Allele ID 6.0/Beacon Designer 7.0，RT-PCR设计软件，与Primer Premier同一家公司的软件，软件界面非常相似，到现在也没有搞清楚两个有什么区别，不知道有什么意思，具体还需要试一下；

6. 办公软件：
Microsoft WORD 2003，不说了；
Microsoft Excel 2003，不说了；
Microsoft PowerPoint 2003，不说了；
Adobe Acrobat Professional 8.1，不说了；
PDF2Office 2.0，把PDF转成WORD，中文支持大大的好，但页面格局往往破坏的一塌糊涂；
Adult PDF Password Recovery 2.3，看名字就知道干什么的了，相当强大，加密的PDF往往不能取词不能打印；
SolidPDFConverter 3.0，把PDF转成WORD，中文支持大大的不好；

7. 凝胶分析软件：
QuantityOne 4.6.2，BioRad的凝胶成像仪自带的电泳图像软件，算很好上手的了；
GelPro Analyzer 4.5，跑胶和杂交以及菌落的分析软件，已有6.0版，可惜我这里没有破解版；
PDQuest 8.0.1 Advance，BioRad的二维电泳分析软件，算好用的，功能上没用过其它的，真的不好说；

代谢网络和信号传导分析软件：
CellNetAnalyzer 6.0，以前叫FluxAnalyzer，基于MatLab的代谢网络和信号传导网络分析模块，大部分论文中的代谢网络分析都是或明或暗的用这个分析的；
PathwayStudio 5.0，蛋白质相互作用、细胞信号转导和代谢分析的软件；

8. 图片处理：
图片是用来表达思想最有力的工具了，所以在这里就多了一些。
Adobe Photoshop CS3 Extended，修改图片，可以做出以假乱真的效果，功能非常强大，但在画示意图上不是很方便，对线条和几何图形的支持尤为不便；
Adobe Streamline 4，好久没有升级的一个软件，把位图转成矢量图的一个软件，很好用；
Image-Pro Plus 6.0，对图象进行加工处理并得到数据的软件，专业，相当的专业，已有6.2版，可惜我这里没有破解版；
Adobe Fireworks CS3/Illustrator CS3，矢量图和位图工具二合一，可以画一些复杂的图，像GENE，MCB上面的很多图都可以很轻松的用Fireworks/Illustrator画出来，流程图，细胞结构，各种复杂的示意图等等都没有问题，矢量工具非常好用。Fireworks更适合入门。Illustrator是纯粹的矢量软件，新手用起来可能会有点不适应，特别是从Photoshop转过来的新手；
ChemSketch 10，画分子结构式的，几乎可以胜任所有的化学结构式的任务了；
SnagIt 8.5，抓图软件，同类软件里面最好用的一个了，连续截屏和延迟截屏是最大特色；

9. 流程图软件：
Microsoft Visio 2003，画流程图和一些复杂的示意图，与SmartDraw类似，但是在PPT里面的显示效果远胜SmartDraw，因为与PPT是一家的，兼容性更好，更方便；
SmartDraw 7.7，画流程图和一些复杂的示意图；
ConceptDraw 7.5 Professional，SmartDraw在接下来一段时间内的强有力的竞争对手，虽然SmartDraw 8 Professional进行了升级，但是却不再支持中文，相当让人失望，ConceptDraw这时候具有了天然的竞争优势了；

10. 数学统计软件：
OriginPro 8.0 SP1，画各种各样的曲线图，兼做简单的数据处理；
SigmaPlot 10.0，与Origin类似，画出来的图风格不大一样，OriginPro 8.0推出之后，SigmaPlot已经渐显颓势，期待新版本了；
SigmaStat 3.5，分析为主的一个小统计软件，在SigmaPlot中可以调用它，如果不用SigmaPlot，个人感觉其没有任何意义；
SPSS 16，大型的分析软件，几乎拥有所有的统计分析功能；
MatLab 7.1，呵呵，这样说吧，数学里面的，几乎什么都可以；
SAS JMP 7.0，SAS公司为了解决SAS难用而开发的一个软件，据一位专业级的统计分析人物推荐，觉得SPSS太不中用，还是SAS家的东西可靠些。
另外还有很多常见的分析软件如SAS 9.1，Statistica 7.0， SysStat 12.0等等，功能上都差不多，都很强大，但我们还是实验为主，能完成任务即可，实际上学精任何一个都足够用了。

其它：
UltraEdit 13.10a，取代记事本的一个强大软件，很多时候会用到，比如把CNKI的数据导到EndNote，有些软件的16进制下的P-J；
这些软件目前而言，应该可以对付从科研到发文章的所有的事情了。