济宁市发展和改革委员会内设机构包括多个职能科室，具体职责如下：
1. 办公室 (挂政策法规科牌子)：负责委机关的日常管理，制定工作制度，处理文电、会务、机要、档案、保密等工作，监督财务和资产管理，研究并提出政策建议，参与政策文件起草和合法性审核，进行重大课题研究，处理行政复议和诉讼，以及新闻宣传和信息发布。
2. 人事科 (挂离退休人员服务科牌子)：负责机关人事、编制、计划生育、离退休人员管理和党群等工作，负责教育培训，执行职业资格和执业资格制度。
3. 国民经济综合科 (挂发展规划科牌子)：分析宏观经济，制定年度计划，提出总量平衡与结构调整建议，监测经济安全，协调物资储备，研究发展战略和规划。
4. 经济体制综合改革科：研究经济体制改革，组织协调改革方案，推进专项改革，负责风险投资体制改革，研究非国有经济发展政策，指导城乡统筹和小城镇改革，以及深化医药卫生体制改革。
5. 固定资产投资科 (挂行政许可科牌子)：负责固定资产投资监测，编制规划，提出调控政策，管理财政投资，核准和审批投资项目，指导工程咨询业。
6. 利用外资与境外投资科：分析国际资本动态，提出外资和境外投资战略，负责外债总量控制，编制相关规划，审核投资项目等。
7. 地区经济与资源环境科：研究经济社会与资源环境协调发展，提出政策建议，组织区域经济发展规划，协调国土整治、开发、利用等。
8. 农村经济科：研究农村发展战略，协调农业发展和改革，平衡发展规划，参与新农村建设和小城镇规划。
9. 能源交通科：制定能源交通发展策略，协调重大问题，衔接平衡发展规划，推进新能源和节能环保产业。
10. 工业科：分析工业发展，制定中长期规划，协调重大项目和技术装备推广。
11. 高技术产业科：研究高技术产业发展，组织拟订战略和政策，推动产业化工作。
12. 社会发展科：研究社会发展战略，协调社会发展政策，汇总编制社会事业发展计划。
13. 经济贸易科：负责商品总量平衡，监测市场，编制贸易规划，指导流通体制改革。
14. 财政金融科：分析资金平衡，研究财政货币政策，提出直接融资政策，参与信用体系建设。
15. 市重点项目办公室：拟订重点项目，监督重大项目和政府投资项目的执行情况，指导招投标工作。
16. 经济合作与县域经济发展办公室：制定经济合作战略，协调跨区域经济合作，负责县域经济发展规划和对口帮扶。
17. 市国防动员委员会国民经济动员办公室：研究国民经济动员与国防建设关系，组织拟订动员规划，实施动员相关工作。
18. 市重大建设项目稽察办公室：负责重大项目和政府投资项目的稽察，监督财政性资金使用。
19. 济宁市服务业办公室：负责服务业总体规划，提出发展战略和政策，指导专项规划编制和执行。
20. 铁路建设管理办公室：研究铁路发展战略，编制发展规划，协调铁路建设中的重大问题。
21. 市援疆办公室 (挂对口支援办公室牌子)：负责对口支援工作规划和项目实施，管理对口支援资金。