两者都是中华人民共和国的
武装力量，都是
人民军队的组成部分，执行统一的条令条例和规章制度，享受一样的待遇，在大的方面没有区别。
如果考虑个人意向、特长、基础，上述两个军种的异同在于：
战略支援部队是高技术单位，以博士、硕士为主体，士官通常在辅助岗位工作；海警与舰艇作战部队更为接近，士官唱主角的机会更多。
战略支援部队的绝大多数单位在陆上工作，远洋测量船是特例；海警则相反，绝大多数岗位在舰船上，少数保障性的士官岗位在陆上。
两者不存在优劣之分，只有适合不适合自己之别。需要在比较之后，自主做出选择。祝好运！