1、系统排列和编目
在正规的工作条件下，档案室主要接收文书部门和业务部门按照归档要求立好的案卷，档案馆主要接收机关档案室根据入馆要求整理移交的案卷。这样，档案室和档案室馆的档案整理工作，主要是对所接收的档案，在更大的范围内进一步系统地整理，如全宗和案卷的排列，案卷目录的加工等等。
2、局部调整
对于已经整理入馆、入室保存的档案，经过管理实践的检验或专门质量检查，档案馆和档案室需要对其中不符合要求的档案进行一定的加工以提高其质量;另一方面，某些档案材料由于保存的时间校长，其自身或档案整理体系发生了变化，因此也必须对其进行整理。
3、全过程整理
档案馆、档案室有时也接收和征集一些零散的文件，这就必须对档案进行全过程的整理工作，包括区分全宗、全宗内档案文件的分类、组卷、案卷排列、编定档号编制案卷目录、全宗档案的系统排放等。
整理过程
1、折叠整理“”按照一定原则对档案实体进行系统分类、组合、排列、编号和基本编目，使之有序化的过程。
2、折叠来源原则：把同一机构、组织或个人形成的档案作为一个整体加以管理的原则。
3、折叠档案实体分类：根据档案的来源、形成时间、内容、形式等特征对档案实体进行的分类。
4、折叠立档单位：构成档案全宗的国家机构、社会组织或个人。
5、折叠联合全宗：由两个或两个以上立档单位形成的互有联系不易区分全宗而作为一个全宗对待的档案整体。
6、折叠汇集全宗：由若干个文件数量很少且具有某些共同特征或联系的小全宗组成的作为一个全宗对待的档案整体。
7、折叠全宗群：由若干个具有时间、地区、性质等共同特征的全宗组成的群体.
8、折叠案卷：由互有联系的若干文件组合成的档案保管单位。
9、折叠立卷：将若干文件按形成规律和有机联系组成案卷的过程。
10、折叠卷内备考表：卷内文件状况的记录单，排列在卷内文件之后。
11、折叠档号：以字符形式赋予档案实体的用以固定和反映档案排列顺序的一组代码。
文书档案整理操作方法———以件归档