顺治元年（1644年），清迁都入关，盛京皇宫成为仅次于北京紫禁城的陪都宫殿。乾隆十一年至十三年（1746—1748），为乾隆皇帝及随行皇太后、后妃东巡驻跸之需，在盛京皇宫原中路建筑两侧，增建了东所、西所两处行宫，使盛京宫殿具备了先皇旧宫与皇帝行宫的使用功能。不仅如此，从现存档案记载看，乾隆帝曾几次大规模向盛京皇宫输运各类珍藏品，并为收藏宫内各类珍宝及清朝帝后御用物品，在盛京皇宫崇政殿前后新建、改建了飞龙、翔凤阁， 东、西七间楼， 师善、协中斋，日华、霞绮楼，在东所、西所之后修建了敬典、崇谟阁。乾隆四十三年至四十八年（1778—1783），完善礼制兴盛皇家祖庙和收藏历朝帝后玉宝、玉册，在大清门左侧移建了皇家祖庙盛京太庙；为修身养性和收藏《四库全书》《古今图书集成》等重要文化典籍，则于盛京皇宫西侧拓建了西路嘉荫堂、戏台、文溯阁、仰熙斋、九间殿等建筑，使盛京宫殿成为与北京故宫、承德避暑山庄齐名的皇家三大府库之一。
九间殿外景
乾隆时期由北京紫禁城拨运盛京皇宫收贮的各类珍宝，在当时京师与盛京内务府、京师与盛京礼部、工部衙门间的往来档案中曾多有记载，所送器物有时一年之内可达二十次以上，每次所送物品少则数件、数十件，多则数百件、数千件，最多的一次即有十万件。依据档案来看，其中较大的几次分别为：
乾隆八年（1743年） 拨送大小金碗、金盘、铜碗、铜盘千余件；乾隆四十四年（1779年） 拨送康熙、雍正、乾隆年款各色瓷器十万件；乾隆八年、四十三年分别拨送皇帝御用各类弓、箭、刀、枪、鞍、甲胄、橐鞬等物数十件；乾隆十一年（1746年） 拨送御制书画、历代名家传世书画数十件；乾隆五十二年（1787年） 拨送御制书画、历代名家传世书画数百件等等。
清宫乐器排箫
乾隆皇帝多次传旨并亲自主持向盛京皇宫送贮大批宫廷器物和艺术品，其目的大概有如下几个方面：
其一，送贮清朝皇帝、后妃所用的宫内实用品、陈设品及祭祀、庆典活动应用的各类物品，以备帝后东巡时在盛京皇宫、盛京三陵举行各种典礼仪式及在盛京宫殿驻跸期间使用。其中包括有宫内陈设品、御用器物、服装和御前卤簿仪仗、乐器等物。
其二，按照清朝国家礼制的各项需要，尊藏各类帝后宝册、典章文献和皇家档案，并以此提高盛京皇宫的尊贵地位。乾隆时期，国家各项礼制已经完备，因礼制需要而制作的国宝器物也越来越多，尊藏国宝，实际上也就是维护国家权力和地位的需要。从乾隆年间开始，弘历便传旨将本朝各代皇帝、皇后的玉宝、玉册（谥宝、谥册），各代皇帝的《实录》《圣训》和圣容，爱新觉罗家族宗室、觉罗的谱书《玉牒》和各类清朝官方秘不示人的档案、文献等，陆续送藏盛京皇宫。
其三，盛世收藏，皇家独尊，开辟安全的皇家藏宝之地，以更好藏贮清中期皇室内府收集的历代艺术珍品和新造的各类皇室御用器物。清代中期，国家政权日趋巩固，社会安定，经济繁荣，出现了所谓的“康乾盛世”。到乾隆时期，宫中珍藏的历朝传世国宝越来越多，除历代法书名画、古董珍玩，还有由内府设置各种御窑、御坊，以专门制造皇家御用的瓷器、书画、雕刻品、珐琅器、织绣品、书籍等各类珍品。
其四，继续送贮清朝皇帝御用的弓箭、刀枪、橐鞬、甲胄、鞍辔等物，以此维护传承清王朝崇尚武功的国策。“国语骑射”是清王朝的既定国策，皇帝家族更是率先垂范，因此，清朝诸帝都拥有御用宝弓、宝刀、宝剑及其他武备用具。乾隆朝将皇帝御用的弓矢、刀枪等恭贮盛京，以示“不忘根本”的宗旨。
据道光年间成书的《盛京皇宫器物清册》记载，当时盛京宫殿的各项文物藏品达十二万件套之多。而且，这种情形一直延续到清光绪末年。关于盛京皇宫各楼阁库房内的主要文物藏品情况是这样的：
凤凰楼尊藏酌清初皇帝御玺、圣容及行乐图凤凰楼为黄琉璃瓦绿剪边、三滴水、围廊、歇山式建筑，进深与面阔均为三间，位于沈阳故宫中路崇政殿后的高台之上，是故宫建筑中的最高点。后金至清初时期，这里是皇太极及其后妃议事、读书、小憩和宴会之所。从乾隆朝开始，凤凰楼成为恭贮清初御用宝玺、皇帝“圣容”、“行乐图”等珍贵文物的地方。
据有关史籍和档案清册所记，乾隆十一年（1746年），清初十余方早已停用的御用宝玺，经乾隆皇帝亲自验察后，将其中十宝恭送盛京尊藏，以体现盛京皇宫龙兴之地的尊贵。这十方御宝分别是：“大清受命之宝”（碧玉，麒麟纽），“皇帝之宝”（青玉，交龙纽），“皇帝之宝”（碧玉，盘龙纽），“皇帝之宝”（旃擅香木，素纽），“奉天之宝”（金，交龙纽），“天子之宝”（金，交龙纽），“奉天法祖亲贤爱民”（碧玉，交龙纽），“制诰之宝”（《盛京通志》记为“丹符出验四方”，青玉，交龙纽），“敕命之宝”（青玉， 交龙纽），“ 广运之宝”（金，交龙纽）。
崇谟阁门额
此外，凤凰楼还藏有包括有清太祖努尔哈赤至清穆宗（同治帝） 载淳各代皇帝的“圣容”十份，乾隆、嘉庆、道光三位皇帝的“行乐图”十五份。从清帝“圣容”和“行乐图”画面内容来看，皇帝身穿礼服端坐的“标准像”即为“圣容”，其骑马射猎、筵宴观游的日常生活形象称为“行乐图”。这些清帝“圣容”和“行乐图”原藏于北京故宫内，自乾隆十五年始送往盛京尊藏，此后各朝均按此制恭送前代皇帝圣容至盛京，直至光绪朝。这些帝王画像皆出自清代宫廷画家之手，有的还是多人合绘，具有一定的历史价值和艺术价值。
另外，乾隆十五年（1750年），太祖至世宗（雍正） 五朝的《圣训》《实录》运到盛京凤凰楼尊藏，乾隆四十三年（1778年） 则移至崇谟阁收藏直至清末。
飞龙阁尊藏清帝御用器物飞龙阁位于崇政殿前东侧，为面阔五间二层式厢楼，上层藏有上自清太宗皇太极，下至清穆宗（同治） 载淳等皇帝御用弓箭、刀剑、火枪等兵器及甲胄、马鞭、橐鞬、鞍辔、武备等物，共有三千多种（其中大部为箭支），藏品中以八十余副嵌有珠宝、镀金装饰的御用鞍辔较为珍贵。清帝东巡驻跸盛京皇宫期间，嘉庆帝就曾登楼阅视御用武备存放、保管情况。
飞龙阁外景
飞龙阁下层为清宫内府收藏的珍贵古代青铜彝器，共四百五十九种，总计八百件，其中商器五件、周器四百余件、汉器三百余件、唐器二十件。器形包括有鼎、尊、卣、爵、觚、盂、盘、鼓、钟等五十余种，相当一部分器皿上都铸刻有铭文。这八百件古铜器在乾隆年间被编录入《西清续鉴·乙编》成书。这是清代专门著录盛京宫殿藏品的唯一书籍。
除上述两项外，飞龙阁中尚存有其他一些物品。如黄地洋彩八宝、五供、青花龙凤呈祥太极尊等瓷器数十件，以及洋瓷翎管数十件，此外尚有靠背、迎手、椅垫、鹿角椅等坐具及甲胄、皮张等物，合计约一千件。
翔凤阁尊藏清帝御用器物翔凤阁位于崇政殿前西侧，为面阔五间二层式厢楼，阁内藏品大体可分为两项，上藏书画等类，下藏御用珍宝。据记载，翔凤阁内恭贮盛京皇宫各宫殿御用陈设、珍宝等物品五百多件，夏园、广宁行宫等处的御用陈设、珍宝等物品近二百件，以及清官内府收藏的历代名家书画及清帝御笔字画及大臣等所作书画卷轴册页一百六十多幅（册），各种图书一百余部。上述各宫殿及行宫陈设物品约占翔凤阁全部藏品的七分之一。
翔凤阁外景
除宫殿及行宫陈设品外，翔凤阁中的其余藏物大抵可分作三类：
第一类是金、银、玉、瓷、珐琅、漆、角、木、牙等制品，共有两千多件，内以各种玉器所占比重较大。此项物品大部分是内廷贮用的比较贵重、精制的器皿和工艺品。第二类是各种锦缎、布匹、衣料、服饰、荷包等共四千多件。其中御用袍、冠、朝珠等数十件，大小荷包四百余对，余者绝大部分是缎匹衣料。这两类藏品主要供清帝东巡时作宫殿陈设和赏赐官员之用。第三类是清帝御笔书画及历代名家所作书画和内府刊印的书籍舆图等，其中以历代名人书画一项最为珍贵，有从唐至明的一百多位书画名家的作品三百三十多幅（册），均为清代内廷收藏的传世佳作。
清宫瓷器
这批书画艺术品与飞龙阁所贮之古铜鼎彝，堪称盛京皇宫藏品中之“双璧”。清帝御笔书画亦藏有三四百件，既有御制诗文绘画，也有临摹古代名家之作，大部分出于清高宗弘历手笔。民国年间，金梁曾据翔凤阁内所藏部分书画精品编成《盛京故宫书画录》和《盛京故宫书画记》。
东七间楼存放清宫御窑厂烧造的各类圆琢瓷器东七间楼位于飞龙阁之后，为面阔七间二层式厢楼，内存康熙、雍正、乾隆年制各类瓷器十万件。这批瓷器均由官窑烧制供宫内使用。由北京将如此众多的瓷器品运到此处藏贮，其目的主要是为了备东巡筵宴等需用。所以，东七间楼即称为“瓷器库”。
东七间楼内除上述瓷器品外，尚有其他瓷器四千多件，约可分为三部分：其一为康熙、雍正、乾隆朝各款瓷器，多为瓶、盘、碟、碗等类。每种一件至数十件不等。釉色有青花、霁红、五彩、霁青、汝釉、钧釉、酱釉等。其二为明永乐至万历朝各款碗、碟等百余件，以青花瓷居多。其三为清册中未记年款者，内有数百件仿宣窑、成窑、嘉窑制品，还有少量洋彩（珐琅彩） 瓷器，其烧制年代亦当在康熙至嘉庆年间。
西七间楼存放殿版书籍、墨刻碑帖及官府衙门档案等物西七间楼位于翔凤阁之后，为面阔七间二层式厢楼。西七间楼在乾隆朝以后俗称“书籍墨刻楼”，或“档子库”“西档库”等。楼内所储主要是书籍、墨刻、档案三大类。
西七间楼内所藏刊印书籍以“御制”“御纂”“钦定”书籍占很大比重，诸如《古今图书集成》《大清会典》、各部《则例》、御制诗文集等，均出自乾隆皇帝御批。更为可贵的是，这里的藏书还有许多满、蒙文刻本或合璧本，像《会典》《四书》《上谕八旗》等均有满文本，《蒙古源流考》有满、蒙、汉三种文本，其他还有《清汉对音字式》《清文鉴》等一些满语工具书。
西七间楼内贮藏的另外一项重要藏品是清代的墨刻、碑帖作品，据统计，这些墨刻、碑帖作品共有数百件之多，藏品中以清高宗弘历御制诗赋、题句题词为最多，另外尚有一些碑石拓片和《三希堂法帖》《淳化阁帖》等墨迹软片。
西七间楼存放的清代档案，乃盛京内务府等官司随时送至的，按类别可分为三种：其一，满、汉文稿档约五万余件。系顺治朝至清末二百多年间盛京内务府与北京内务府，以及盛京五部等官署之间往来公文的底稿。其二，册档。即所谓“黑图档”（“黑图”，满语意为“副本”或“杂档”），共九百八十多册。系康熙至咸丰年间盛京内务府与京师，以及盛京有关官署之间往来公文的誊录底档。其三，乾隆至宣统年间盛京地区八旗人丁户口册。计有八千余册，内完整及残损者约各半。这三部分档案涉及清入关后二百多年间东北地区政治、经济、军事以及皇室事务、旗务、清帝东巡等诸多方面，且均为第一手材料，是盛京故宫保存下来的一批珍贵历史文献。
另据清道光年间《西七间楼恭贮书籍墨刻器物清册》所记，此楼内尚存放有清代盛京三陵铜供器五十余件，蒙文、无圈点满文信牌及印牌五百三十七面等。
銮驾库内存清帝御用銮驾、卤簿、仪仗及清宫乐器等物銮驾库位于故宫大政殿北侧，为面阔十一间正房，内存清帝御用銮驾、卤簿、仪仗及清官乐器等物百余件。乾隆十一年（1746年） 以后，盛京皇宫内的皇帝御用卤簿、仪仗均存放于此处。这些御前用物均系清帝巡幸盛京期间出行和举行典礼时所用。当时沈阳故宫所遗銮驾卤簿之物可分作四类：其一，辇舆类，如步舆、鞍勒等；其二，御用物品类，如交椅、提炉杆等；其三，仪仗类，如立瓜、卧瓜、龙凤扇、豹尾枪等；其四，乐器类，如画角、铜角、笙、笛等。四类藏品总计百余件。
敬典阁远景
敬典阁尊藏的《玉牒》敬典阁为面阔五间二层歇山式正楼，它位于盛京皇宫中路东所的最后一进院落，是清朝皇族爱新觉罗氏家族宗谱《玉牒》的存放之库。
清代所谓的“玉牒”，即爱新觉罗氏皇族宗室、觉罗两个支派的族谱。在清代，爱新觉罗氏皇族的所有成员依据与皇帝血缘关系的远近分为两个系统：一为“宗室”，即显祖塔克世（努尔哈赤之父） 的直系后裔，按制束黄色腰带，俗称“黄带子”；一为“觉罗”，即肇祖、兴祖、景祖的其他子孙后裔，按制束红色腰带，俗称“红带子”。清朝定制，宗室、觉罗所生子女至周岁时，须书其所生年、月、日、时，以及生母姓氏，详其嫡庶次第，具册送交宗人府。宗室载入《玉牒》黄册，觉罗载入《玉牒》红册。家族《玉牒》每十年纂修一次，由宗人府按每年黄、红册所记汇入。宗室入黄档，觉罗入红档。《玉牒》内各人排列以帝系为统，长幼为序；存者朱书，殁者墨书。误同名则改卑者及幼者。
清代首次修纂《玉牒》为顺治十八年（1661 年），至乾隆七年（1742年） 已修九次，所编各部《玉牒》分贮于北京皇史宬、宗人府和礼部各一份，原来并无送贮盛京之制。乾隆八年（1743年），弘历传旨命移送历朝《实录》一份至盛京尊藏，此后，凡宗人府修纂《玉牒》，均按乾隆八年之例将新修《玉牒》恭送盛京贮存。自清顺治十八年至光绪三十四年（1661—1908），爱新觉罗家族所修历次《玉牒》均将其中一份送藏盛京敬典阁，累计共藏《玉牒》黄档一百五十二包、红档二百三十五包。敬典阁《玉牒》的规格一般为长二尺、宽一尺的巨册，封面按宗室、觉罗分别用黄色、红色绢，全册以白色宣纸制成，装帧颇为精美，册内分别以满、汉两种文字工笔书写，以体现帝室贵胄的富贵和尊严。《玉牒》每次由京启送及运至盛京入阁尊藏时，皆要依例举行隆重的仪式。