在糕点、烘焙食品的加工过程中“微污染源”很多，如何防止糕点、烘焙食品的被污染乃是一重要课题。霉菌作为为微污染源中的一种，如果不加以控制势必会影响到糕点、烘焙食品的质保期的长短，那又如何控制霉菌超标呢？
杀菌消毒专家周立法先生认为：控制霉菌污染，首先要了解霉菌的生长环境、污染食品的条件。在此基础上，方可以提出合理的防控措施，提高糕点、烘焙食品的卫生质量。
一、霉菌的生长环境
1、生产车间的墙壁，比较潮湿部位容易生长霉菌。
2、加工设备存在冷凝水的管路、机壳等容易生长霉菌，
3、空气中所包含的水蒸气，在冷凝、液化时最容易产生霉菌，如车间中温度最低的部位，含天花板、地面、设备表面、墙面等温度低的部位，
二、霉菌的生长习性
与霉菌的生长繁殖关系密切的有水分、温度、基质、通风等条件，为此，只有充分的了解霉菌的生长习性，才能为下一步控制霉菌提供理论依据。
1、水份霉菌生长繁殖主要条件之一是必须保持一定的水分，当糕点、烘焙食品的中的水分活性值为0.98时，霉菌最易生长繁殖；当水分活性值降为0.93以下时，霉菌繁殖受到抑制，但依然仍能生长；当水分活性值在0.7以下时，霉菌的繁殖受到真正的抑制，可以阻止产毒的霉菌繁殖。
2、温度对霉菌的繁殖及产毒均有重要的影响，不同种类的霉菌其最适温度是不一样的，大多数霉菌繁殖最适宜的温度为25～30℃，在0℃以下或30℃以上，不能产毒或产毒力减弱。如黄曲霉的最低繁殖温度范围是6-8℃，最高繁殖温度是44～46℃，最适生长温度37℃左右。但产毒温度则不一样，略低于生长最适温度，如黄曲霉的最适产毒温度为28-32℃。
三、霉菌的控制措施
1、首先要保持生产车间的内部工具的清洁和卫生，注意对一些卫生死角进行严格的卫生清理和保持（每半月实施一次深度清洁）：如操作案面的背面，天花板、墙壁、制冷风机的卫生清理，清理卫生后所有的墙壁、天棚、设备、器具、案面表面要用酒精擦两遍以上，尤其注意清理制冷风机的散热片和冷气的出风口以及内部电机叶片，这是一个很容易忽视的角落。
2、对生产车间霉菌有控制，首先必须控制车间的温度和湿度，温度在24度以下，湿度在55％以下，因为过高的温湿度会促进霉菌的生长。