北京、南京同仁堂不是一家厂家，他们的区别有下面三个方面：
一、成立时间不同
1、北京同仁堂是全国中药行业著名的老字号。创建于1669年（清康熙八年），自1723年开始供奉御药，历经八代皇帝188年。
2、南京同仁堂药业有限责任公司(南京同仁堂制药厂)历史悠久，其前身是北平同仁堂京都乐家老铺南京分号，于1926年在南京开业，1955年更名为公私合营南京同仁堂国药号股份有限公司，1957年定名为南京同仁堂制药厂。1998年，改制组建南京同仁堂药业有限责任公司。
二、企业地址不同
1、北京同仁堂位于北京市，1669年 （清康熙八年）乐显扬创办同仁堂药室。1702年乐凤鸣将药铺迁至北京前门大栅栏路南。
2、南京同仁堂位于江苏南京美丽的雨花台风景区西麓，是南京市唯一一家以现代科技生产古方传统品种和综合新剂型，集科、工、贸为一体的中药企业
三、企业规模不同
1、北京同仁堂拥有境内、外两家上市公司，连锁门店、各地分店已经遍布各大商场的店中店六百余家，海外合资公司、门店20家，遍布21个国家和地区，产品行销40多个国家和地区。
在北京大兴、亦庄、刘家窑、通州、昌平，同仁堂建立了五个生产基地，拥有 41条生产线，能够生产26个剂型、1000余种产品。 全部 生产线通过国家 GMP认证，10条生产线通过澳大利亚TGA认证。
2、南京同仁堂拥有南京医药同乐药业有限公司、南京同乐机械厂、南京保健滋补品厂、南京同仁堂乐家老铺大药房，营销网络遍布除新疆、西藏、内蒙以外的全国各省、市。
参考资料来源：百度百科-同仁堂
参考资料来源：百度百科-南京同仁堂药业有限责任公司
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