我灌输点概念先：
一、成吉思汗铁木真在1206年建立了蒙古国。
二、1218年蒙古灭西辽，1227年灭西夏，1234年灭金国，1246年招降吐蕃，1253年灭大理，1279年灭南宋，元朝最终统一中国。
三、1271年忽必烈改国号为“大元”，取《易经》中“大哉乾元”之意。
四、成吉思汗生于1162年，卒于1227年。
我从两方面来回答你的问题：
第一，元朝是忽必烈改的国号，此时成吉思汗早已故去。虽然元朝的开国皇帝是成吉思汗，可是在他在位时候，是没有元的，所以他不会给元朝定都咯。
第二，由上可知，在蒙古国攻打西夏时，成吉思汗故去。那么，此时的蒙古国力量尚不够强大，还有 金、吐蕃诸部、南宋、大理等国，他们还要四处征战，如果如此草率地定都，那么范围必定是在西北这一块。而中国古代封建社会的政治中心是在东北这一块，不利于发展。
第三，我想这和他们的生活习性也有关系。蒙古是游牧民族，再加上他们还没有攻下政治中心，所以没有立刻定都。
PS:楼主可以联系清朝来理解。初期是类似的，就像努尔哈赤的历史地位一样。虽然努尔哈赤是开国皇帝，不过他建立的是后金，有些教材算清朝起止就没算上努尔哈赤在位时期。不过这一块是有争论的。
一家之言，仅供参考。
参考资料：部分引用百度百科。