电子显微镜下看到的是亚显微结构，光学显微镜下看到的是显微结构电子显微镜放大倍数远远大于光学显微镜，光学显微镜只能看到细胞的基本结构（细胞壁、细胞膜、细胞质、细胞核）、极少数细胞器（叶绿体、染色后的线粒体）还有染色后的染色体等，而电子显微镜可观察到细胞内的几乎任何结构。
光学显微镜和电子显微镜的区别是：光学显微镜只能看到某些细胞结构，如细胞壁、叶绿体、染色后的染色体、线粒体、细胞核等，电子显微镜可以看到细胞器的内部结构以及象核糖体这样较小的细胞器。总之，光学显微镜看到细胞的显微结构，电子显微镜可以看到亚显微结构。