济南市人民政府办公厅内设机构包括秘书处、应急管理部门、政务一处至七处、信息处、行政处、组织人事处(驻外机构管理处)和离退休干部处等多个职能处室，以及市政府应急管理办公室(总值班室)、市政府督查室(市民服务热线办公室)、市政府接待办公室和市打击走私办公室等专门机构。
秘书处承担市政府重要会议的组织和文件管理，负责市政府领导的政务活动及公文处理的指导工作，包括会议纪要起草、文电信函的审核和管理等。
政务一处至七处分别服务于分管副市长，负责文稿起草、活动安排、批示督促和政务信息提供，参与突发事件的协调处理。
信息处负责收集国内外重要信息，协调政务信息工作，并指导电子政务系统的规划和建设。
行政处负责市政府机关的后勤保障，包括办公设施、卫生绿化以及会议活动的行政服务。
组织人事处负责党的建设、精神文明建设和干部人事管理工作，同时管理驻外机构和外地办事机构。
离退休干部处负责老同志和机关离退休人员的管理，指导厅属事业单位的离退休人员工作。
应急管理部门负责市政府值班和应急事项处理，包括重大情况报告、政策研究和预案编制，以及突发公共事件的协调与处置。
市政府督查室负责重大决策的督促落实，包括会议决定事项、领导批示件和文件督办，以及人大代表建议和政协提案的办理。
市政府接待办公室负责高级别接待任务，包括国家领导人和重要来宾的接待服务。
市打击走私办公室负责反走私工作的指导和监督。
市无线电管理办公室负责无线电台站的审批、频率分配和无线电监测，协调本行政区域内的无线电管理事务。
根据省委办公厅、省政府办公厅《关于印发〈济南市人民政府机构改革方案〉的通知》（鲁厅字〔2009〕50号）和市委、市政府《关于济南市人民政府机构改革的实施意见》（济发〔2009〕17号），设立济南市人民政府办公厅，为市政府工作部门。