元代管理西藏的中央机构是宣政院，管理澎湖的机构是澎湖巡检司（不包括琉球或台湾）！
元朝掌管全国佛教事宜和藏族地区军政事务的中央机关。由帝师兼领。忽必烈始置总制院，后改为宣政院。从此，西藏地区正式成为我国中央政府直接管辖的一个地方行政区域。
元代澎湖巡检司设于元朝末年（有争议）至元年间，隶属于泉州府同安县。这是大陆政府在澎湖建立正式政权机构的开始。其时泉州人移居澎湖已经不少。
明代澎湖巡检司的辖区，扩大到台湾本岛。当嘉靖四十二年，海上武装集团头目林道乾盘踞台湾时，明将俞大猷即派兵到鹿耳门巡哨；万历三十年（1602年），明将沈有容率部入台清剿倭寇巢穴；明末天启年间（1622－1625年），朝廷派兵驱逐入侵澎湖的荷兰殖民者。
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