南京市初中学校排名前100名如下：
1、南京玄武外国语学校。
2、南京第十三中学红山校区。
3、南京育英第二外国语学校。
4、南京金陵中学河西分校。
5、南京师范大学附属中学新城初级中学（初中部）。
6、六合区龙袍镇初级中学。
7、南京秦淮外国语学校。
8、江宁区土桥初级中学。
9、江宁区上坊初级中学。
10、南京郑和外国语学校。
11、南京营防中学。
12、南京师范大学附属中学分校。
13、南京文枢中学。
14、南京石桥中学。
15、南京横溪初级中学。
16、南京仙林中学。
17、南京古柏中学。
18、南京师范大学附属中学（新城初级中学）。
19、六合区东沟镇初级中学。
20、南京农业大学附属中学。
21、六合区玉带镇初级中学。
22、南京徐州市第十中学。
23、南京仕金学校。
24、南京麝麟镇中学。
25、南京阳江中学。
26、六合区程桥镇初级中学。
27、南京扬子第一中学。
28、南京民族中学。
29、溧水县第一初级中学。
30、秦淮中学。
31、溧水县白马初级中学。
32、南京作厂初级中学。
33、南京第十八中学。
34、溧水县第二初级中学。
35、溧水县东屏初级中学。
36、南京福州三山文武学校。
37、南京南门中学。
38、南京麒麟初级中学。
39、南京徐州市第三十三中学。
40、溧水县晶桥初级中学。
41、南京春江学校。
42、南京上元中学。
43、南京古棠初级中学。
44、南京第四十中学。
45、南京第六十六中学。
46、南京沧溪中学。
47、南京汤山中学小学。
48、南京江苏省德圣中学。
49、南京五中实验初中。
50、南京漆桥中学。
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