干燕窝保存的话，要保证燕窝本身干燥，可以采用密封保鲜方法，在将燕窝彻底晾干后(不可阳光直晒)，密封保存，或者放在通风无潮的地方即可（也可以加入一小包干燥剂）。
没有开封的燕窝可以直接放在冷藏室保鲜，采用不开封、不动用的方式，而一经开封就要尽快食用完。要注意燕窝的干燥性，含水量过高的燕窝要吹干才能存放，可以用风扇、抽湿机吹干再储存。
如果燕窝的干燥度不够，又不想进行风干处理，那可以将燕窝直接放入冰箱保存，冰箱温度控制在0-2度之间。
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即食燕窝一般是在未开封之前贮存在冰箱的冷藏室或是阴凉干燥处，开封之后要在15-20天之内食用完，而开封之后是需要保存在冰箱冷藏室的。注意如果无法在那个时间段吃完，最好是放到冰箱冷冻室进行冷冻。
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有些人在泡发燕窝时，由于没有控制好量，不小心泡发过多，可以将已经泡发好的燕窝分成好几份，一份大约3-5克的样子装入保鲜袋中，或是全部放在干净的密封，防水、防油的器皿中，然后放进冰箱进行冷冻。
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如果燕窝是已经炖好的，可以放在冰箱里保存，尽量在一周内吃完，要注意这样保存的话，在炖的时候不要加冰糖，避免在存放过程中燕窝化成水；而且炖好的燕窝要凉了以后才放入冰箱保存，温度控制在0-4℃。