法律分析：第一步：插入国税密钥，访问当地电子税务局官网，可以选择证书登录，再输入密码登陆即可;
第二步：选择“我要办税” 税费申报及缴纳 印花税申报;
第三步：进入印花税申表页面后，根据填写指引填制，最后完成申报;
第四步：申报成功后，点击“我要办税” ---税费申报及缴纳 ---税费缴纳---未缴纳税款，点击缴款，输入密码，即可完成缴纳。
注意：已经签订三方协议，可以从公司账户完成扣缴，如果没有签订扣缴协议，需要带上银联卡去当地税务局大厅刷卡缴纳税款。
法律依据：《中华人民共和国印花税暂行条例》
第三条 纳税人根据应纳税凭证的性质，分别按比例税率或者按件定额计算应纳税额的 应纳税额具体税率、税额的确定，依照本条例所附《印花税税目税率表》执行。应纳税额 不足一角的，免纳印花税。 应纳税额在一角以上的，其税额尾数不满五分的不计，满五分的按一角计算缴纳。
第四条 下列凭证免纳印花税：
（一）已缴纳印化税的凭证的副本或者抄本；
（二）财产所有人将财产赠给政府、社会福利单位、学校所立的书据；
（三）经财政部批准免税的其他凭证。
第五条 印花税实行由纳税人根据规定自行计算应纳税额，购买并一次贴足印花税票(以下简称贴花)的缴纳办法。为简化贴花手续，应纳税额较大或者贴花次数频繁的，纳税 人可向税务机关提出申请， 采取以缴款书代替贴花或者按期汇总缴纳的办法。