明清之际（1557至1887年），澳门是葡人租地时间
明代澳门属广东省香山县辖地。1553年，葡萄牙人以「借地晾晒水浸货物」为藉口，贿赂当时明朝的广东提刑按察司巡视海道副使汪柏，获准在澳门半岛暂时居住。後来明朝在香山县设提调备倭巡辑，俗称守澳官衙门。葡人除向明朝广东市舶司缴纳船税外，为巩固其在澳门的地位，每年贿赂广东海道副使五百两白银。
1571年，在广州交易会，葡萄牙人按惯例贿赂海道副使500两白银之时，因有广东布政使在场，翻译只好说那是付给朝廷的「地租银」，受贿官吏只得将把这笔「地租银」交由布政使上交国库。从此，葡萄牙人的贿赂变成了地租。後经交涉，葡人每年上交地租白银500两（後增加至515两），并设立海关对商船抽税，和议事亭向葡人夷目宣读命令与双方会商政务。香山知县拥有最终司法处分权。葡人设立市政委员会（明称夷目），每3年举行一次选举，和一支小型警卫队，建立税关向停泊澳门的葡国船只另行收税，以维持澳葡政府经费。
1574年，明朝在莲花茎设立关闸由海防副使管理，1608年香山县令蔡善继为加强管理颁布《制澳十则》。葡萄牙人最初被限定居住在澳门南部（即当时葡萄牙人的主要活动区），临时归属身在印度的葡属果亚亲王所管辖保护。由於留居当地的葡人家庭不断增长，更有些与当地粤人通婚；加上再有些欧洲人亦选择此地落脚，展开对中国经济、宗教及文化交流，很快形成了小型社区。1623年，葡萄牙政府委任马士加路也为首任澳门总督进行管理。在其後的几百年内，澳门一直是世界与中国和近邻进行交流的根据地，即使是西班牙主导时期也没有改变。传统的说法指，1640年当葡萄牙摆脱西班牙统治後，因澳门未曾投降於西班牙，於是获授「天主圣名之城」（Cidade do Nome de Deus）的称号。澳门历史上以中西交流驰名於世，明末清初的「西学东渐」中在地区上扮演一个重要的角色，亦曾在世界经济的运转中发挥重大作用。
清军平定广东後除废除守澳官外大致沿习明朝对澳措施，1685年，清朝於广州漳州宁波云台山，设立海关将澳门海关编入广州海关，并改称澳门关口，设防御1人家人2人。1731年，清朝在澳门前山寨设立县丞衙门，作为香山县派驻机构。1744年，清朝又设立澳门海防军民同知指挥县丞衙门与澳门驻军。澳门同知「专理澳夷事务，兼管督捕海防，宣布朝廷之德意，申明国家之典章」、「遇有奸匪窜匿唆诱民夷斗争、盗窃、及贩卖人口、私运禁物等事，悉归查察办理」。
1748年，华人李廷富和简亚二犯事，驻澳葡兵於大炮台拘捕，因拒不认罪被葡兵毒打致死。澳葡总督梅内泽斯拒不交出凶徒，次年经多番交涉，梅内泽斯交出凶手。此事件导致清朝於1749年颁布《澳夷善後事宜条议》，进一步加强清朝对澳门的全面管治。
1807年，拿破仑一世领导下的法兰西第一帝国占领葡萄牙。翌年7月，英军藉口保卫澳门免受法军占领，曾一度强入澳门，及後在清政府的压力下，於当年11月撤出。
1849年葡萄牙停止向清朝交地租并占领关闸；1851年，占领氹仔；1863年，占领塔石、沙冈、新桥、沙梨头等地；1864年，占领路环；1879年，占领龙田村；1883年，占领望厦村（望厦）、荔枝湾 、石澳及青洲等地，建立海岛市。
1887年，葡萄牙迫使清政府签订《中葡和好通商条约》，规定中国同意葡国「永居管理澳门」，但未经中国同意葡萄牙永不得将澳门转让他国。清朝末年（1908年），葡萄牙要求扩展边界，并划定澳门的界址，澳门正式成为葡萄牙殖民地。
据说，葡萄牙人从奉祀海神妈祖的妈阁庙附近登陆後，故澳门便获名「Macau」（即「妈港」在葡萄牙语中的译音）。江户时代的日本人称澳门为「天川」（音：Amakawa），据信此名称亦可能源自於「妈阁」的谐音，但是至目前为止，考古界还未找到妈阁庙在葡萄牙人登陆澳门前已存在的可靠证据。