“十二五”期间如何评估其生态系统结构和功能？根据《全国主体功能区划》，国家层面的重点生态功能区是指生态系统十分重要，关系全国或较大范围区域的生态安全，目前生态系统有所退化，需要在国土空间开发中限制进行大规模高强度工业化城镇化开发，以保持并提高生态产品供给能力的区域。重点生态功能区与农产品生产区均属于国家层面主体功能区中的限制开发区域。国家重点生态功能区共有25个区域，分别为大小兴安岭森林生态功能区、长白山森林生态功能区、阿尔泰山地森林草原生态功能区、三江源草原草甸湿地生态功能区、若尔盖草原湿地生态功能区、甘南黄河重要水源补给生态功能区、祁连山冰川与水源涵养生态功能区、南岭山地森林及生物多样性生态功能区、黄土高原丘陵沟壑水土保持生态功能区、大别山水土保持生态功能区、桂黔滇喀斯特石漠化防治生态功能区、三峡库区水土保持生态功能区、塔里木河荒漠化防治生态功能区、阿尔金草原荒漠化防治生态功能区、呼伦贝尔草原草甸生态功能区、科尔沁草原生态功能区、浑善达克沙漠化防治生态功能区、阴山北麓草原生态功能区、川滇森林及生物多样性生态功能区、秦巴生物多样性生态功能区、藏东南高原边缘森林生态功能区、藏西北羌塘高原荒漠生态功能区、三江平原湿地生态功能区、武陵山区生物多样性与水土保持生态功能区、海南岛中部山区热带雨林生态功能区。国家重点生态功能区生态系统结构和功能评估方法：依据分类型生态系统服务功能的物质量估算，对区域的主导生态功能和主要的辅助功能进行定性、定量评估。必要时，可对区域的主导生态功能进行经济价值的评估。在遥感（RS）和地理信息系统（GIS）技术的支持下，采用系数法进行估算。通过实地监测和文献调研，获得区域不同生态系统的生态功能物质量系数及其面积，进而计算区域主要生态功能的物质量。水土保持功能由潜在的土壤侵蚀量与现实侵蚀量之差计量。涵养水源功能由土壤的最大持水量与土壤凋萎系数的差值进行计算。调蓄洪水功能主要由生态系统拦截的降水量，或者吸纳的洪水量进行估算。防风固沙功能由生态系统削减的风沙量进行估算。生物多样性保护功能可利用受保护的国家级重要物种的种类和数量表示，海域生物多样性保护功能可利用渔业产量进行计量。
国家重点生态功能区是中华人民共和国对于优化国土资源空间格局、坚定不移地实施主体功能区制度、推进生态文明制度建设所提划定的重点区域。
2016年09月29日国务院印发《关于同意新增部分县（市、区、旗）纳入国家重点生态功能区的批复》，至此，国家重点生态功能区的县市区数量由原来的436个增加至676个，占国土面积的比例从41%提高到53%，此举将有利于进一步提高生态产品供给能力和国家生态安全保障水平。
这25个国家重点生态功能区包括：大小兴安岭森林生态功能区、三江源草原草甸湿地生态功能区、黄土高原丘陵沟壑水土保持生态功能区、若尔盖草原湿地生态功能区、甘南黄河重要水源补给生态功能区、祁连山冰川与水源涵养生态功能区、南岭山地森林及生物多样性生态功能区、黄土高原丘陵沟壑水土保持生态功能区、大别山水土保持生态功能区、三峡库区水土保持生态功能区、塔里木河荒漠化防治生态功能区、阿尔金草原荒漠化防治生态功能区、呼伦贝尔草原草甸生态功能区、科尔沁草原生态功能区、浑善达克沙漠化防治生态功能区、阴山北麓草原生态功能区、川滇森林及生物多样性生态功能区、藏东南高原边缘森林生态功能区、藏西北羌塘高原荒漠生态功能区、武陵山区生物多样性与水土保持生态功能区、桂黔滇喀斯特石漠化防治生态功能区等。
国家重点生态功能区不是自然保护区。重点生态功能区是指生态系统十分重要，关系全国或较大范围区域的生态安全，目前生态系统有所退化，需要在国土空间开发中限制进行大规模高强度工业化城镇化开发，以保持并提高生态产品供给能力的区域。重点生态功能区属于《全国主体功能区规划》中两类“限制开发区”之一，目前已经确定25个地区，总面积约386万平方公里，占全国陆地国土面积的40.2%。国家重点生态功能区以保护和修复生态环境、提供生态产品为首要任务，因地制宜地发展不影响主体功能定位的适宜产业，引导超载人口逐步有序转移。国家重点生态功能区分为水源涵养型、水土保持型、防风固沙型和生物多样性维护型四种类型。重点生态功能区侧重对开发的限制，不是限制发展，主要限制大规模高强度的工业化城镇化开发，但允许一定程度的能源和矿产资源开发。重点生态功能区通过限制开发更好地保护这类区域的生态产品生产力，实现科学发展，这与环保部所提出的“生态功能保护区”发展方向是一致的。
