根据上述职责，省农业委员会（省委农工委）设23个内设行政机构：
（一）办公室。
负责机关文电、会务、机要、档案、保密、信访、政务公开、信息服务等制度建设、综合协调和督促检查工作；承担重大突发事件应急综合管理有关工作。
（二）宣传处。
拟订农业宣传工作计划、方案并组织实施；指导机关和所属事业单位的宣传工作；配合有关部门抓好党在农村的路线方针政策宣传，围绕农业农村工作重点和中心任务组织专题宣传报道；总结并宣传农业及农村工作的重大举措和典型经验；承担农业新闻发布和对外宣传工作；配合有关部门管理委属出版物工作；承担委属宣传的对外联络和对内协调工作。
（三）政策调研处（省农村固定观察点办公室）。
承担全省农业和农村工作的内部联络和综合协调；组织开展调查研究并提出农业保护政策意见和建议；参与农业农村有关政策执行情况的督促检查；承担农村经济与社会发展预测及综合统计工作；起草农业农村工作、农村经济与社会发展综合性文件；提出处理农村改革和发展重大问题的原则和措施的建议；承担省委农村工作领导小组办公室日常工作和中央农办交办的工作；指导全省农村固定观察点工作。
（四）法规处。
承担农业法制建设、农业行政执法能力建设和农业行政执法监督、检查；组织农业法律、法规的宣传、普及；指导全省农业综合执法（相对集中行政处罚权）和农业行政许可工作；编报地方性农业法规、规章和规范性文件的立法计划并组织实施；参与国家相关法律、法规、规章及规范性文件立法调研起草和修改工作；承担委系统规范性文件合法性审查和备案；承担行政复议、行政应诉、行政赔偿等工作。
（五）发展计划处（省农业资源区划办）。
提出扶持农业农村经济发展财政政策建议，拟订发展战略、中长期规划和年度计划并监督执行；引导农业资源合理配置，协调农业产业结构调整与综合平衡；拟订农业固定资产投资规模和方向、基地建设、技术改造等项目的规划、计划，提出省级支农财政性资金安排建议；负责农业各产业重点项目的综合平衡、申报审核，提出立项建议并监督实施；指导农业资源区划工作；参与农业综合开发和基本农田建设项目管理有关工作。
（六）财务处。
提出有关农业农村经济发展的财政、税收、信贷和保险等政策建议；编报部门预算、决算并组织执行；负责机关及所属单位的财务会计制度建设、资金（资产）管理与监督以及绩效评价工作；提出机关和所属事业单位财政性资金使用的建议并组织实施；负责机关和所属事业单位农业财政预算资金、专项资金、项目资金的管理与安全；指导和监督所属事业单位财务、国有资产和政府采购管理工作；指导农业行业财务会计工作。
（七）审计处。
承担委系统（机关和所属事业单位）财政财务收支、资产、负债、损益及所有者权益等经济活动审计；依法开展委系统（机关和所属事业单位或农业系统）基本建设工程概算（预算）、结算审计和固定资产投资项目的事前、事中及事后审计；依照有关规定，实施机关内设机构和所属事业单位领导任期经济责任审计；承担委属企、事业单位经济合同执行情况审查、经济效益评估及相关审计工作；依法开展专项审计调查和内部经济制度执行情况督查；协调配合行业审计工作。
（八）农村经济经营管理处（农业产业化办公室、茶产业办公室）。
提出推进农业产业化、茶产业发展政策建议，拟订发展规划和年度计划并组织实施；提出稳定和完善农村基本经营制度的政策建议；指导农村土地承包、耕地使用权流转和承包纠纷仲裁管理工作；指导农业产业化经营与发展；指导农村集体资产和财务管理工作；指导、监督减轻农民负担和村民筹资筹劳管理工作；指导农业经济行业协会工作；参与农村综合改革有关工作。
（九）新农村建设与社会发展处。
提出有关社会主义新农村建设与农村社会事业发展政策建议，拟订中长期规划和年度计划并组织实施；承担全省新农村建设综合协调和督查指导工作；组织开展新农村建设试点、示范建设；参与农村社会事业发展、基层组织建设、精神文明建设和民主法制建设；参与农民文化体育、农村“计生三结合”、机关定点帮扶等工作。
（十）科技教育处。
提出农业科技发展政策建议，拟订中长期规划和年度计划，并组织实施；承办农业产业技术体系、农技推广体系建设相关工作；指导和实施农业科技创新、技术推广及农业重大科研项目，综合协调农业产业技术开发、科技成果转化及示范推广工作；承担农业科技成果管理、农业转基因生物生产加工行政许可及安全监督管理工作；依法实施农业知识产权、农业动植物新品种保护和外来物种管理；指导农业职业教育、农民从业技能和农村劳动力转移就业培训工作。
（十一）市场与经济信息处。
拟订农业和农村经济信息体系、大宗农产品市场体系建设规划并组织实施；提出大宗农产品和重要农资流通及价格政策建议；监测分析农业和农村经济运行；承担农业农村经济信息收集、管理、发布和信息服务工作；组织开展大宗农产品国内经贸洽谈、展览推介活动；协调菜篮子工程；指导农业农村经济信息体系建设和农委门户网站建设工作。
（十二）农产品质量安全监管处。
承担提升农产品质量安全水平责任；拟订农产品质量安全地方标准并会同有关部门组织实施；依法开展农产品质量安全风险评估；承办有关农产品质量安全信息发布；负责农产品质量安全监测；承担农业检验检测体系建设和机构考核工作；依法实施符合安全标准的农产品产地认定、产品认证和农产品质量安全监督管理。
（十三）农业生态与农村能源处。
提出农业生态建设和农村能源建设政策建议，拟订中长期规划和年度计划并组织实施；指导农村可再生能源综合开发与利用、农业生物质产业发展、农业农村节能减排和农业面源污染治理工作；协调和监督农用地、宜农滩涂、宜农湿地及农业生物物种资源的保护与管理工作；承担农业生态环境监测、基本农田保护区环境质量监测，划定农产品禁止生产区域；指导生态农业和循环农业发展工作。
（十四）对外经济合作处。
组织协调国内外农业经济技术交流与合作；收集、研究国内外农业信息和发展动态；拟订农业利用外资和招商项目规划，并提出有关政策建议；指导农业外资企业发展，管理农业引进项目和农业外援项目；组织开展农业对外经贸洽谈、展览推介活动；负责农业系统涉农外事工作。
（十五）种植业综合处。
组织落实农产品生产发展相关政策措施，指导农业标准化、规模化生产；引导农业产业结构调整和产品品质改善；承办耕地保护、改良和补偿工作；指导种植业重大项目建设工作；承担农情信息调度和监测基点县工作；组织种植业生产救灾，负责救灾备荒种子的储备和调拨；依法开展农药行政许可。
（十六）粮油作物发展处。
提出粮油发展政策建议，拟订发展战略、中长期规划和年度计划并组织实施；指导粮油生产优化布局和标准化、规模化生产及产品品质改善工作；负责落实良种、粮食补贴政策；承担粮油生产救灾工作；依法开展粮油作物种子行政许可；承担省外引进粮油作物种子（种苗）检疫审批工作；组织实施粮油作物基地和重大项目建设工作；指导农作物病虫害防控体系建设和植物检疫性有害生物普查；参与粮油产品质量安全监管工作。
（十七）经济作物发展处。
提出经济作物（蔬菜、水果、中药材、糖料、蚕桑、草本花卉、食用菌等）发展政策建议，拟订发展战略、中长期规划和年度计划并组织实施；承担落实发展经济作物各项政策的工作；指导经济作物生产合理布局和标准化、规模化生产；提出经济作物阶段性生产管理建议；依法开展经济作物种子（种苗）行政许可；组织实施经济作物基地和重大项目建设工作；参与相关产品质量安全监管工作。
（十八）畜牧兽医管理办公室。
提出畜牧兽医事业发展政策建议，拟订发展战略、中长期规划和年度计划并组织实施；组织重大动物疫病防控；承担畜牧兽医调查研究和数据统计工作；承办畜牧兽医信息收集、分析、发布工作；组织畜牧兽医行业重大项目建设；参与畜产品质量安全监管工作；组织起草畜牧兽医行业综合性文件。
内设畜牧处、兽医医政药政处、动物防疫检疫处（重大动物疫病防控指挥部办公室）、草业饲料处（省饲料工作办公室）。
（十九）乡镇企业管理办公室。
提出农产品加工企业发展和引导农民创业就业政策建议，拟订中长期规划和年度计划并组织实施；承担农产品加工企业调查研究与数据统计工作；指导促进农产品加工企业发展的重大项目建设工作；组织起草发展农产品加工企业的综合性文稿。
内设农产品加工处、农村服务业发展处。
（二十）农业机械化管理办公室。
提出农业机械化发展政策建议，拟订中长期规划和年度计划并组织实施；组织落实农机具购置补贴政策；承担农机调查研究、数据统计、农业机械化信息发布工作；承担农机化服务体系建设工作；指导农业机械化重大项目建设工作；组织起草有关农业机械化工作的综合性文稿。
内设农机装备处、农机监管处。
（二十一）渔业处。
提出渔业发展政策建议，拟订中长期规划和年度计划并组织实施；指导渔业产业结构调整及合理布局,提出渔业投资计划建议;承担渔业资源保护和合理开发利用工作;提出渔业防灾减灾及事故处置建议并组织实施;依法维护淡水管辖水域渔业权益；依法开展渔业行政许可；指导渔业生产服务体系建设；指导渔业安全生产和水产品质量安全监管工作;承担渔业政务信息统计和发布工作。
（二十二）农垦管理处。
提出促进农垦经济发展政策建议，拟订中长期规划和年度计划并组织实施；提出农垦企业体制改革方案并监督实施；承担所属农垦企业国有资产和财务监督管理工作；指导全省农垦企业和农垦经济发展工作；拟订全省亚热带作物发展规划；指导农垦企业资源综合开发利用工作。
（二十三）人事处。
负责机关机构编制、人事管理、劳动工资、教育培训等工作并指导所属事业单位的上述工作；拟订农业系统人才队伍建设规划，并会同有关部门指导实施；组织开展农业系列专业技术职务任职资格、农民技术职称评审推荐工作；参与农村实用人才培训工程和农村劳动力转移就业培训工作；承办农业行业职业技能鉴定、技工技术等级考核工作。
机关党委负责省农业委员会（省委农工委）机关和所属企（事）业单位的党群工作；负责机关目标绩效管理和计划生育工作；参与农村基层组织建设工作。设置机关党委办公室。
离退休干部办公室（副厅级）负责省农业委员会（省委农工委）机关离退休干部工作，指导所属事业单位的离退休干部工作。内设离退休干部一处、离退休干部二处、离退休干部三处。
纪检监察机构省纪委派驻省农业委员会纪检组、省监察厅派驻省农业委员会监察室与省农工委纪工委合署办公。省农工委纪工委下设纪检监察室（与派驻监察室合署）、案件审理室，行政编制8名。其中：纪检组长（省农工委纪工委书记）1名，纪检组副组长（省农工委纪工委副书记）1名，监察室主任1名，案件审理室主任1名。
