第一，吕不韦与当年赵姬、后来的太后长期保持剪不断、理还乱，不清不白的关系。
当年，吕不韦把自己宠爱的已有身孕的赵姬献给嬴政的父亲子楚，十二个月生下嬴政，就已在秦国和各诸侯国中产生了嬴政可能是吕不韦骨血的传言，而且，这个传言随时有可能成为秦国宗室贵族用来推翻嬴政的利器，如果嬴政不是嬴氏血脉，他还有什么资格坐在王位上呢？嬴政倘若耳闻（他不可能一点风声都听不到）此类传言，其心情肯定是万般复杂、五味俱全，难以言表。
嬴政的生母赵姬成为太后以后，淫欲无度，与吕不韦藕断丝连，继续通奸，再续孽缘，吕不韦成为宫廷丑闻的两个主角之一。后来，成天忙于国事且年老力衰的吕不韦招架不住如狼似虎的太后的性索取，两人的性活动已逐渐从过去的受用，变成受累甚至受罪。吕不韦心生一计，物色到性欲能力特强的嫪毐，将他假扮为宦官推荐给太后。于是，太后又与嫪毐私通，并在雍宫生育两子。
吕不韦把这一危险性极强的宫廷丑闻越做越大。
深得太后宠爱的嫪毐势力逐渐坐大，成为朝中一个不小的势力集团，家童、舍人数千人。小人得志猖狂，后来，得意忘形、利令昏智的嫪毐竟计划除掉秦王嬴政，拥立自己的儿子即位，兴兵作乱，但很快就被嬴政平息了。
于是，牵连到相国吕不韦。
嬴政本想一并解决吕不韦的问题，但一则考虑到吕不韦确实扶持先王功劳太大（“奉先王功大”）；二则朝中上下为吕不韦说情的人太多（“宾客辩士为游说者众”），可见吕不韦树大根深，此时动他，恐摇动朝局，于是，暂放吕不韦一马（“王不忍心致法”）。但吕不韦的相国是不能再当了，让他回到他的食邑地河南洛阳去赋闲。
吕不韦虽然暂时逃生，但大势已去，虎落平阳，只有挨打等死了的份了。嬴政小小年纪，就有如此谋略、如此心机，不愧为“始皇帝”也！
第二，吕不韦的政见与秦王嬴政并不相符。
秦王嬴政最崇拜的祖上是秦缪公和秦孝公，最服膺的是霸王之道，最欣赏的是商鞅变法时确立的以耕织为荣、以斩首为勇的法家路线，最崇尚的是权力和刑法。
而吕不韦在执政中却对此有所纠正。过去，秦国是尚首功之国，作战以斩杀敌人首级数目作为战胜之标志，动辄斩杀人数以万计。吕不韦执政以后，鼓吹“以义兵诛暴君”，秦国对外战争中攻占之地虽多，但杀戮却大大减少，若干次大的胜利战争，史书却找不到秦军的斩首纪录。
更为明显的是，吕不韦在为秦国统一提供思想和战略指导的《吕氏春秋》一书中，并没有把法家摆在最显著的位置，最推崇道家，提出走讲仁政、崇王道、尚君德之路，试图使先进在“霸道”中的秦国航船暗中转舵于“仁道”航线，其与秦王嬴政的分歧和冲突明矣。郭沫若也认为，从《吕氏春秋》中“你可以发觉它的每一篇每一节差不多都是和秦国的政治传统相反对,尤其是和秦始皇后来的政见和作风作正面的冲突……”
第三，功高震主。
这虽然是一个老话题，但在吕不韦确是实情。吕不韦先后扶持子楚、嬴政两个王上台，其功不可谓不高；他扶持年幼的嬴政上台，自然有一种权威，嬴政都称之他为“仲父”，每有吕不韦在场，嬴政都感到有种压力，其威不可能不震主。
吕不韦更有几件事情足以震主：一是嫪毐谋反事件牵连到吕不韦，嬴政想解决他时，朝中上下竟然为他说情的人那么多，可见其势力有多大！二是吕不韦被遣送出都城咸阳时，他的几千门客居然没有作鸟兽散，投靠新主，反而死心塌地的跟随他去了河南，可见吕不韦凝聚力之强，人们对他东山再起的希望之高；三是吕不韦被免去相国、遣回河南封地后，前往拜访的各国使节居然络绎不绝、相望于道，可见，吕不韦的名气有多大、声望有多高！
嬴政肯定会想：本想让你多活两年，谁叫你吕不韦成了一个平民后在士人眼中、在诸侯国眼中还那么有价值呢？吕不韦对秦国了解那么深，万一被其他诸侯国挖去利用，对秦国可是一大威胁啊！我不用的东西谁也别想用！人只有死了才不会被别国利用。
至此，吕不韦不死也不行了。
人为名而存，也为名所累，信然！
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