东莞目前共有6个主要铁路客运站，以及20个城际铁路车站：
东莞站：石龙镇与茶山镇交界处，可乘坐 广深城际动车、广潮(汕)动车、赣深高铁部分列车 和 部分普通列车，可乘坐 地铁2号线 前往东莞各镇街；
东莞东站：位于常平镇，可乘坐 部分 全国各线普通列车，可换乘 莞惠城际 前往 东莞各镇街 及 惠州市各站；
东莞南站：位于塘厦镇，可乘坐赣深高铁列车、广深城际跨线列车前往粤东、江西等地，以及深圳北站、广州东站；
东莞西站：望牛墩镇与洪梅镇交界处，可乘坐 广惠城际、穗莞深城际列车、；
虎门站：位于虎门镇，可乘坐全国各线G字头高速列车、香港特区G字头高速列车；可在地下层 虎门北站 换乘穗莞深城际列车前往广深各地、及深圳宝安机场；可乘坐 地铁2号线 前往东莞各镇街；
常平站：位于常平镇，可乘坐广深城际动车、广潮(汕)动车、穗港直通车(暂停)；
〈广惠城际铁路莞惠段〉
2017年12月通车，沿线各站可经此线前往 东莞西站换乘 穗莞深城际列车；前往 常平东站(东莞东站)换乘全国各线普通列车；前往 小金口站(惠州站)换乘全国各线普通列车。
东莞西站：(望洪枢纽站)
道滘站：位于道滘镇，可乘坐莞惠城际列车；
西平西站：位于东莞南城西平街道(地下站)，可乘坐莞惠城际列车，可换乘 地铁2号线 前往东莞各镇街；
东城南站：位于东城与南城交界处(地下站)，东城客运站旁，可乘坐莞惠城际列车；
寮步站：位于寮步镇(地下站)，可乘坐莞惠城际列车；
松山湖北站：位于松山湖(地下站)，可乘坐莞惠城际列车；
大朗镇站：位于大朗镇(地下站)，可乘坐莞惠城际列车；
常平南站：位于常平镇(地下站)，可乘坐莞惠城际列车；
常平东站：位于常平镇，东莞东站对面，可乘坐莞惠城际列车，可换乘全国各线普通列车；
樟木头东站：位于樟木头镇，可乘坐莞惠城际列车；
银屏站：位于谢岗镇，可乘坐莞惠城际列车；
〈广深城际铁路〉
东莞站
常平站
樟木头站：位于樟木头镇，可乘坐 广深城际动车 前往广深各地。
〈广深港高速铁路〉
虎门站
〈穗莞深城际铁路〉
2019年12月全线通车，沿线各站可经此线前往 东莞西站 换乘 佛莞惠城际列车；前往 广州东站 换乘全国各线普通列车、广深动车；前往 新塘南站 换乘广州地铁13号线列车；前往 虎门北站(虎门站) 换乘全国各线高速列车、地铁2号线列车；前往 深圳机场站(宝安机场) 换乘国内、国际航班。
中堂站：位于中堂镇与麻涌镇交界处，可乘坐穗莞深城际列车；
望牛墩站：位于望牛墩镇，可乘坐穗莞深城际列车；
东莞西站(望洪枢纽站)
洪梅站：位于洪梅镇，可乘坐穗莞深城际列车；
东莞港站(沙田站)：位于沙田镇，可乘坐穗莞深城际列车；
厚街站：位于厚街镇展览中心旁(地下站)，可乘坐穗莞深城际列车；
虎门北站(虎门站)：位于 虎门站 地下层(地下站)，可在地上 虎门站 换乘全国各线G字头高速列车、香港特区G字头高速列车；可乘坐 地铁2号线 前往东莞各镇街；
虎门东站：位于虎门镇商贸城旁(地下站)，可乘坐穗莞深城际列车；
长安西站：位于长安镇镇安西路，可乘坐穗莞深城际列车；
长安站：位于长安镇镇安中路，可乘坐穗莞深城际列车；
〈赣深高速铁路〉
2021年12月全线通车，可乘坐赣深高铁列车、广深城际跨线列车前往粤东、江西等地，以及深圳北站、广州东站 换乘全国各线普速列车、高速列车；
东莞南站
〈广惠城际铁路佛莞段〉
预计将于2022年5月通车
麻涌站