秦日纲家境贫穷，少年失学，为谋生计，做豆腐为业。曾入乡勇效力，后到贵县龙山挖矿。为人诚实忠厚，行侠仗义，在矿工中威望颇高。秦日纲年近三十无力婚娶成家，与众多工友一样，争扎於温饱，生活苦不堪言，心底埋藏着对残酷压迫的强烈反抗愿望。道光二十七年（公元1847年）十二月，洪秀全潜入平天山传教暗结矿工，认识了秦日纲，洪秀全熟知他是个难得的人才，加强对他的交往，同谋起事。由此，秦日纲成了太平天国的开创者之一。
咸丰元年（公元1851年）九月二十五日，太平军攻占永安州城，秦日纲奉命领军屯驻永安外围的水窦，连续三次杀退了清都统乌兰泰的进犯。同年十二月十七日，天王对金田起义功臣封王和晋升官职，12月17日只是封王的时间。秦日纲封天官正丞相的时间不一定是在永安封王的12月17日。后秦日纲封为天官丞相 。
咸丰二年（公元1852年）五月四日，太平军突围永安州，秦日纲领军掩护主力撤退，此战歼敌五千余众，长瑞、长寿、董光甲、邵鹤龄四位总兵被击毙。
咸丰三年（公元1853年）二月八日，太平军约几十万人，从武汉出发，分水陆两路东下，势如破竹，仅二十多天一举攻下了南京。论功行赏，秦日纲受封真忠报国顶天侯。
咸丰四年（公元1854年）翼王石达开在安庆一带安民，大得人心，政绩显著，引起杨秀清的嫉妒，杨命秦日纲代翼王守安庆，在安庆秦日纲扩增兵员三千余人，军容甚盛，引起杨秀清猜疑。同年十一月，秦日纲兵败田家镇。咸丰五年（公元1855年）二月，曾国藩见太平军节节败退，亲领湘军水师攻打九江，秦日纲紧密配合石达开与湘军决战，湘军溃败不复成军，曾国藩差点丧生、总兵胡林翼欲投江自杀。太平军士气高涨，次年四月三日攻克重镇武昌。当太平军打垮强大的江南江北大营，夺取全国胜利时，天国领导集团各种矛盾开始激化，演绎出惨烈的幕幕悲剧，猜疑、互相加害、杀戮。俱有不凡的军事才能、为太平天国取得辉煌军事成就的秦日纲，被洪秀全处死。虽然不能排除石达开逼迫洪秀全的可能，但秦日纲的悲剧却是洪秀全一手制造的 。 太平天国首义的8个人中，最富的是排名最末的胡以晄，而最穷的怕就是排名倒数第二的秦日纲了。杨秀清据说身世很惨，没爹没妈，可未必没钱；萧朝贵的确是没钱，可他讨了个不错的老婆，从此日子好过很多。惟独秦日纲，在加入上帝会前似乎一直时运不济，是个地道的无产者。
他是贵县人，具体是哪个村哪个镇的，如今已无法考证，但许多记载都说，他是北山银矿的工人。北山银矿是广西著名大矿，但清代长期被封禁，直到鸦片战争战败，清廷因大批赔款而严重缺银，才不得不再次开放，地方志记载，北山银矿是在道光二十二年（1842年），由贵县县令王济下令重开的，但由于矿工经常串联，和天地会各堂口来往密切，曾多次遣散重召，秦日纲就曾经惨遭遣散，并因此当了一阵子乡勇。
冯云山是1844年开始组织拜上帝会的，秦日纲是什么时候加入的，并无确切记载，考虑到冯云山早期招募的会众许多是知识分子，非知识分子又多半是桂平县人，身为贵县矿工或乡勇的秦日纲，似乎不会加入得太早。
现存的《天兄圣旨》是从戊申（1848）年九月开始纪录的，但秦日纲的名字直到庚戌（1850）年六月才出现，六月二十日，萧朝贵假借天兄名义“超升”了一大批骨干，其中就有秦日纲的名字；这年八月，贵县白沙村林凤祥和当地“土人”团练因耕牛发生冲突，秦日纲率众助战，大破团练，将耕牛夺回。此役秦日纲等据说以十多人追击土人数千家，土人闭门不敢出，虽然明显夸张，但从远在广东花县的洪仁干都很快知道这个故事不难看出，此役大涨了拜上帝会的士气，为金田起义开了个漂亮的头。这一仗后，原本在上帝会中名不见经传的广东揭阳游民林凤祥成了骨干，而原本勉强排入骨干行列的秦日纲，自然成了骨干中的骨干。矿工和农民不同，他们组织性强，能吃苦，又因为没有土地、房产，不怕抄家、迁徙，秦日纲在矿工中有不低的威望，又当过乡勇，有一定组织能力和军事经验，很快就拉起了千把人的队伍。在金田起义中，贵县山头从人数上讲，应该仅次于桂平山头，石达开、秦日纲和洪秀全的表亲赐谷王家，都拉起了颇具规模的队伍，王家因为受萧朝贵排挤，在天京事变前始终处于边缘地位，石达开凭借家族部众的实力和个人军政才能脱颖而出，成为最早的五王之一，而贡献了千余名精壮士卒，又为太平天国18年军事征战史开了个好头的秦日纲，则同样获得了不菲的回报。 装备精良
他在金田时期的职衔不明，《贼情汇纂》说他是“洪秀全麾下健儿”，估计是御林侍卫一类角色，职位不算高，却是“天子近臣”，机会多多；到了永安，洪秀全封立百官，辛开元年（1851年）十月二十五日他封了五个王爵，大约在同日或稍后，封了一大批丞相以下高官，其中职位最高的，就是被封为天官正丞相的秦日纲了，按照杨秀清的话，就是“官居极品”。
虽然太平天国编制丞相有24名之多，但在永安却只有秦日纲和春官正丞相胡以晄两名，且不论有多少丞相，天官正丞相地位都不一般，被称为“朝官领袖”，印章用银包木（其它23个丞相都只能用木头），由此可见，此时的秦日纲，地位可谓显赫之至。不仅地位高，任务也重。在永安，太平天国控制的地盘很小，除了州城，就只有城外东平里一个里、70多个村，总共400平方华里的面积，他们采用的守城战术，是“守险不守陴”，将主力集中在城外几个战略要地，即城南的水窦，城北的龙眼潭，和靠近城垣的莫家村-长寿圩等，其中兵力最多的就是水窦，能战之士数千，加上家属老弱，总人数近万人。之所以如此厚集兵力，是因为水窦当面是清军兵力最多的乌兰泰部，总兵力超过1万（都是战斗兵），且有清军最精良的重炮装备（乌兰泰本人是用炮能手），而守水窦的主将正是秦日纲。
顶住猛攻
在长达6个半月的永安攻防战中，水窦要塞顶住了乌兰泰的猛攻，始终未曾失守。秦日纲克服了火力差距悬殊（太平军因为缺乏火药和炮子，后期不但很少开炮助战，即使开炮也只能发射石子、铜钱等）、外援不济等，“赤身赴敌，有进无退”，以血肉之躯，牢牢捍卫了永安的南大门。由于弹尽粮绝，1852年4月，太平军部署突围，5日傍晚，太平军冒着倾盆大雨全军突围，取道城东古苏冲向昭平进发，秦日纲率领的水窦守军一部奉命殿后，后半夜才拔队出发，到第二天凌晨，因前队尚有很多家属、老弱掉队，不得不在古苏冲、龙寮岭成两线布防，结果在6日下午遭到清向荣、乌兰泰两支主力抢占龙寮岭制高点后轮番冲击，损失数千人，成为太平军历史上第一次惨败。
虽然太平军仅用了1天时间，就以一个歼敌数千、杀死四个总兵的大峒歼灭战还以颜色，但龙寮岭惨败却给许多太平军将士留下阴影，秦日纲“并无什么才情”的传说，恐怕也是此时传出的，此后直到定都南京，秦日纲再没有得到独当一面带兵打仗的机会，怕正是因为这一仗的关系。龙寮岭会战的实际负责人是秦日纲，不是萧朝贵，所以秦日纲应为龙寮岭会战的失败负责 。
秦日纲在这一仗中将不多的兵力两线布置，又没有防住向荣对制高点的偷袭，导致几千人马挤在狭窄泥泞的峡谷中被动挨打，责任是不可推卸的。不过此战的直接指挥是萧朝贵，而不是秦日纲，这个导致被动挨打的布阵，怕也是出自萧朝贵的授意，否则以杨秀清执法之严，秦日纲早就革职查办了，而实际情况则是他虽然不再带兵，天官正丞相却当得稳稳当当。从永安直到天京，他并没立什么功劳，当然也没犯什么错误，等到了天京城，他就踏踏实实地住进分配给自己的家宅，在门口画上一对醒目的大象（太平天国制度，天王宫殿门口画双龙双凤，东王、西王一龙一凤，侯爵龙虎，丞相画象，检点以下都画不同姿势的豹）。要知道当时太平天国禁止夫妻团聚，偌大天京城，能跟老婆同住的，连秦日纲在内一共八户而已。 甲寅四年五月，由曾立昌等率领的北伐援军在山东临清州溃败，命日纲统帅第二次北伐援军前往直隶增援，封为燕王。日纲到舒城杨家店败回，禀东王杨秀清说：“北路妖兵甚多，兵单难往”。旋奉命仍去安庆安民，日纲遂安辑安庆、池州各属邑。
六月回天京。八月奉命去湖北一带，稽查河道，密拿奸宄。日纲行抵九江，闻清军已陷武、汉、守将石凤魁、黄再兴退到田家镇。日纲立下诫谕，痛责石凤魁、黄再兴失机，命带部队驻扎田家镇候调度，一面禀奏杨秀清。日纲处置与杨秀清相合，禀奏未到，即有旨命解石凤魁、黄再兴回天京，而以田家镇大营军务委日纲督理。田家镇在湖北蕲州东南四十里，广济县南五十里的长江北岸，与兴国州的半壁山隔对峙，南扼九江，东控安庆，太平天国在这里建为上游江防要塞。自蕲州至田家镇沿岸增筑土城，安设炮位。自田家镇至半壁山，用铁锁横截江面，以遏敌军水师。十月十八日（夏历十月初四日），日纲指挥军队与敌陆军在半壁山大战，先胜后败，退回田家镇，半壁山下横江铁锁被斫断。明日，渡江再战，石镇仑、韦以德都战死，半壁山失陷。太平天国安置江防铁锁的方法与三国时吴国不同。吴国在两岸凿石穿铁，江中无物提承，故一处熔断，就“千寻铁锁沉江底”了。太平天国则节节用小船提承，江中还横列大簰三个作总提承，船簰的头尾都用大锚钩於江底，铁锁四道，横在船簰之上，用铁码钤住，故南岸虽被斫断一节，而其他几十节仍牢系如故。二十日（夏历十月初六日）后，复将南岸一节续行钩联在半壁山下簰上，安炮船二，布置枪队，以防敌水师进攻。簰上铺沙，船中贮水，以防敌火弹延烧。在铁锁的上游，卫以战船三、四十号，在铁锁的下流，停泊军运船只大小约五千馀号，也时放枪炮以助声威。其北岸则以田家镇街外筑一土城，长约二里，街尾为吴王庙，建筑营垒一座，系铁锁於北岸之根，日纲亲驻其中指挥。街之上为老鼠山，建筑营垒一座，又上为磨盘山，建筑营垒一座，又上为牛肝矶，建筑炮台一座。自牛肝矶至吴王庙长约六、七里，都密排炮眼，以向江心轰击。要塞设防，布置是异常严密的。只因水师未建立，而敌则水师精练，江上作战，取决於水师，故势不能敌。廿七日（夏历十月十三日），敌水师悉锐来犯，第一队专断铁锁，用炭炉铁剪大斧熔断铁锁，第二队专攻炮船，掩护头队，第三队候铁锁开后，直闯下游，放火烧军运船只，防江铁锁为所破。至夜四更，日纲率各军退守黄梅县城及九江对岸小池口等处，指挥罗大纲、林启容、陈玉成等将领分扼要隘，敌人不得进。既而石达开统率援军到，明年正月，遂在九江大败敌水师，克复武、汉。论失守半壁山、田家镇罪，革去日纲王爵，改为顶天燕不过秦日纲并没有真的当三年奴隶，而是挂着“奴”的头衔继续理事，他是乙荣五年（1855）正月为奴的，当年八月十七日，他就洗脱奴名，被封为“顶天燕”，恢复了5王以下、群臣以上的高位。 早在太平天国定都天京不久，清军就相继在天京和扬州城外，建立了江南大营和江北大营。它们就像两枚钢钉，钉在天国的心脏旁，严重威胁着太平天国。在秦日纲的戎马生涯中，最辉煌的胜利，当属1856年4月攻破江北大营的扬州之战，以及同年6月攻破江南大营的天京之战。
1853年3月太平天国定都天京后不久，清军即分别于天京东郊和扬州建立江南、江北大营，彼此呼应，威胁天京、镇江、瓜洲，并阻太平军东进苏州、常州。1855年后，太平军战局不利，北伐军全军覆没；西征军在鄂、赣虽有转机，但安徽太平府（今当涂）、芜湖、庐州（今合肥）相继失守，天京粮运受困，水路亦为清军所断；上海小刀会起义被镇压，清军移师镇江，守军外援断绝。为摆脱不利处境，太平天国领导人决定集中兵力，进攻江北、江南大营，消除肘腋之患。1856年初，东王杨秀清从安徽调集数万人，由燕王秦日纲统率，于1856年2月1日从栖霞、石埠桥一带东进，往援镇江。钦差大臣、江南大营统帅向荣和江苏巡抚吉尔杭阿派兵防堵。双方在龙潭、东阳、仓头、下蜀、汤头一线接战40余日，不分胜负。镇江守将检点吴如孝多次派兵西出接应，均为清军所阻。为打破僵局，秦日纲于1856年3月下旬派冬官正丞相陈玉成乘小船冲破清军封锁，抵镇江晤吴如孝，约期东西会攻。4月1日，秦日纲率军东攻，与清军激战于汤头，相持不下。战前迂回至清军侧后的地官副丞相李秀成部突然发起进攻，清军腹背受击，阵势大乱。这时，陈玉成、吴如孝也率军由镇江西攻，两支太平军胜利会师。1856年3月2日，大败清军吉尔杭阿部，连破其营16座，直抵镇江。是夜，秦日纲军自金山渡江，与瓜洲守军会合，1856年3月3日黎明，太平军乘清军疏于防范之时，向土桥发起猛攻，突破清军为围困瓜洲而构筑的土围长墙，连破虹桥、朴树湾等清军营盘。清军大半溃散，钦差大臣、江北大营统帅托明阿等逃往三汊河。次日，太平军一鼓作气，又攻毁三汊河清军营垒120余座，托明阿率残部逃往扬州东北的邵伯镇。1856年3月5日，太平军占领扬州，清军经营3年之久的江北大营遂被摧毁。秦日纲在征集大批粮食后，为回军攻江南大营，仅留少量兵力守扬州，自率大队于1856年3月13日南返。原拟自瓜洲渡江，因留守仓头的夏官又正丞相周胜坤部为清军所败，南返之路被断，乃于1856年3月14日率军西进，1856年3月16日前队攻占浦口，准备由此渡江。在大队尚未集结时，清军于1856年3月22日再陷浦口，秦日纲只得率军返回瓜洲，短期休整后，于1856年5月27日渡江。1856年5月29日，攻占黄泥洲，并乘胜猛攻高资清营，拟打通回天京之路。吉尔杭阿闻之，自镇江九华山大营率兵往援。1856年6月1日，秦日纲部于烟墩山将清军包围，吉尔杭阿知难脱逃，自杀身亡。1856年6月3日，秦日纲率大军攻破九华山清营，1856年6月6日复破京岘山清军大营，解镇江之围。1856年6月13日，秦日纲放弃小茅山、九华山、烟墩山、黄泥洲各营垒，经高资、下蜀、东阳、石埠桥退至天京东北燕子矶、观音门一带待命。当秦日纲军东援镇江之际，翼王石达开由江西亲率西征军劲旅二三万人回师。1856年5月下旬抵天京南秣陵关一带。时向荣分兵四出，江南大营存兵不满5000人。为调动清军，石达开采取声东击西战法，1856年于6月13日分兵攻取东进苏、常的要道溧水。向荣闻讯，急派总兵张国梁往救，江南大营兵力更加空虚，东王即令秦日纲会石达开进攻。1856年于6月17日，秦日纲部由燕子矶移营仙鹤门，天京太平军一队数千人越过龙脖子，另一队七八千人自神策门、太平门出城，占据大小水关及冯家边一带，与秦日纲部对清军形成东西夹击之势。向荣急派副将王浚率2000人前往仙鹤门防堵。1856年于6月18日，石达开部亦赶到尧化门；仙鹤门一带，筑垒数十处，前锋抵达紫金山东黄马群，切断江南大营与仙鹤门之间的联系。向荣见大营危在旦夕，急令张国梁由溧水星夜赶回，并从丹阳、秣陵关等处调兵回援。1856年于6月19日天未明时，石达开、秦日纲派四五千人攻仙鹤门王浚营盘，稍后出兵数千包抄，激战至晚，大败清军。是日张国梁率1200人赶回大营，连夜在青马群筑营，欲堵太平军西攻之路。20日晨，太平军十数路猛攻青马群。与此同时，杨秀清派兵数千出通济等门，直扑七桥瓮。向荣亲率1200人自孝陵卫大营往援，实则作南逃准备。午后，秦日纲分军四五千人自灵谷寺翻紫金山攻破清军马队营盘，直逼孝陵卫；洪武、朝阳门太平军分路出击，攻破孝陵卫附近清营20余座。接着各路太平军合攻孝陵卫，鏖战数时，攻破向荣大营，毙清军千余人。向荣、张国梁等连夜败走淳化镇，1856年于6月21日又经句容逃往丹阳。至此，威胁天京达3年之久的江南大营亦被太平军攻破。 秦日纲入会后，积极在贵县北山银矿发展会众。北山银矿聚集着数千工人，他们原来大多是农民，或因土地被地主兼并，或因逃避苛捐杂税流亡到矿上，受到银矿老板的残酷剥削。秦日纲以矿工首领的身份“劝化”他们敬拜上帝，令矿工们趋之若鹜。太平天国起义的时候，到金田“团营”的矿工共约3000人，其中秦日纲率领的贵县北山银矿工人就多达1000多人。
金田起义后，秦日纲率领这支矿工铁军，屡与官兵对阵，多次立下战功。太平军攻克永安州（今蒙山县）后，洪秀全论功行赏，封秦日纲为天官正丞相，仅在翼王之下，为群臣之首。之后太平军派他率精兵守卫永安州南面的门户水窦。秦日纲充分发挥矿工的专长，在水窦山岭上挖壕筑寨，遍布地雷暗沟，防御工事做得极为坚固，清军始终无法攻破。
由于秦日纲和冯云山、石达开、罗大纲等率部，与乌兰泰、向荣统率的清兵喋血苦战，使太平军争取到半年的宝贵时间，比较从容地制定典章制度，进行政权建设。1852年4月初，太平军从永安州突围，秦日纲部担负全军的后卫，阻击追兵。因军中夹有大量妇幼老弱，加之天下大雨，大队人马拥挤在泥泞的山道上，行动十分缓慢，要完成这一艰巨任务，困难可想而知。在玉龙关和平冲，秦日纲军与人数和装备均占优势的清军麈战两日，给敌人以重大杀伤，自己也付出了沉重代价，阵亡2000多人，这是太平军自起义以来最大的一次损失。
4月8日清晨，秦日纲军乘着浓雾，穿过崩冲来到大厄冲，与埋伏在山头的大队伍会合。天刚亮，乌兰泰带领清军，紧追不舍。其他各路清军唯恐乌兰泰独占追击的头功，也纷纷出发，向旱冲、崩冲推进。当敌人进入伏击圈时，太平军居高临下，火箭、土炮、硝桶、 石、地雷、滚木等滚滚而下。冲底的清军无处躲藏，顿时阵势大乱，加上山陡冲窄，人马拥挤，无路可逃。太平军从山头俯冲下去，团团围住敌人厮杀。半日之间，清军折兵5000多人。清军天津镇总兵长瑞、凉州镇总兵长寿、河北镇总兵董光甲、郧阳镇总兵邵鹤龄毙命，副将成林等20多名将领也被杀死，军械、旗帜、衣物丢弃殆尽。乌兰泰逃跑时落涧受伤，向荣等少数残兵败将向龙寮岭方向落荒而逃。
在太平军“永安突围”和“三冲大捷”中，秦日纲功不可没。
1854年1月，秦日纲被封为“真忠报国顶天侯”，代替翼王石达开镇守安庆。同年5月，他被封为燕王，受命率第二次北伐援军。继4月林绍璋部太平军在湘潭大败；被湘军焚毁战船2000多艘后，8月，太平军老将、秋官又正丞相曾天养在城陵矶阵亡。10月14日，武昌失守，太平军退守田家镇。在险恶的形势下，秦日纲赴田家镇督师。他一面痛责失守武昌的石凤魁、黄再兴，一面加强防御工事，在险要的半壁山上建立5个营垒，并在自田家镇横过半壁山的江面安放了两道铁索，铁索之下排列数十艘小船，以枪炮掩护。又在田家镇到蕲州长江北岸建筑土城，遍布炮位。
11月23日，秦日纲军与湘军罗泽南、李续宾部在半壁山激战，失利。到了傍晚，韦俊、石镇仑、韦以德一同抵达田家镇。次日，秦日纲统军两路渡江，再与罗泽南军麈战一天。两路俱败，石镇仑、韦以德战死，半壁山失陷。
秦日纲只好退守田家镇。12月2日，湘军水师杨载福、彭玉麟部使用洪炉大斧，破了他的拦江铁索，并纵火焚烧。陆师罗泽南、塔齐布两人则领军6000多人，分布在南岸助攻。此役，太平军损失惨重，船只被焚4000多艘，还被夺去500多艘。秦日纲知田家镇守不住，就自焚营垒，撤向黄梅，再退往九江，与罗大纲、陈玉成等，分守关隘。
太平军田家镇之败，除了湘军炮利船坚等客观因素外，秦日纲指挥失当也是重要原因。
鉴于西征军一败再败，洪秀全急令石达开支援。石达开总结了太平军失败的教训，坚守阵地，不与清军决战，只是每夜利用火箭、火毽惊扰敌人，使敌人彻夜戒严，疲惫不堪。相持了一个多月后，石达开利用敌人急于求战的心理，将湘军水师精锐部队诱入鄱阳湖中，然后堵塞湖口的水卡，趁着夜色派小划子放火袭攻，焚烧敌船40多条。1855年2月11日晚，石达开又指挥轻舟30多艘攻袭敌人，烧毁敌船5000多艘，还差一点将湘军主帅曾国藩活捉。秦日纲乘机自宿松、太湖一带向西攻，一路势如破竹，连克广济、蕲州、黄州。2月23日，他率陈玉成等占领汉口、汉阳。3月16日，秦日纲督领诸军猛攻武昌。到了4月3日，太平军第三次攻克武昌。
