现有重点专科专病13个，其中国级重点专科2个，省级重点专科8个，省级重点专病3个。国家级重点专科中医妇科，在治疗妇科疑难病、常见病上取得了显著的疗效。周围血管病是国家中医管理局批准的国家中医周围血管病医疗中心建设单位，也是我院在全国居领先地位的特色医疗项目。2005年上半年两科均通过了国家重点专科建设中期评估。省级重点专科有中医呼吸内科、中医血液内科、中医肾病科、中西医结合心血管病科、中医脑血管病科、中医急症科、中医肝胆病科、中医骨伤科；省级重点专病有：老年痴呆病、腰间盘突出症、眼底病。现代化的手术室，现代化的化验室，现代化的医技科室，不仅为病人诊治提 供了可靠的科学依据，又为教学、科研提供了优越条件。
医院实行了院系合一的体制，担负着临床本科、硕士、博士生的教学任务。医院现有博士学位授权点3个（中医妇科学、中医内科学、中西医结合临床），硕士学位授权点8个（中医内科学、中医外科学、中医妇科学、中医儿科学、中医骨伤科学、中医五官科学、针灸推拿学、中西医结合）。专业覆盖了中医学、中西医结合等一级学科下的全部二级学科，在学位授权点建设方面显示了良好的发展势头。尤其2003年中西医结合临床专业的设立，实现了我院高级人才培养的历史性突破，成为我院学位与研究生教育发展历史的里程碑。 医院拥有博士指导教师25名，硕士指导教师94名，导师规模迅速扩大，年龄结构年轻化，学历结构高层次化。有力地推动了研究生导师队伍建设，是我校研究生教育发展的根本保证。国家级重点学科1个：中医妇科学学科；国家中医药管理局重点学科2个：中医妇科学学科、中医内科（内分泌学科）；省教育厅重点学科4个：中医妇科学学科、中医内科学学科、中医骨伤科学学科、中西医结合临床学学科；省人事厅重点学科（2个） 中医内科心血管学科 中医内科消化学科；省中医管理局重点学科（6个）中医耳鼻喉学科，中西医结合神经内科学科，中西医结合肾病学科，中西医结合呼吸学科， 中西医结合内分泌学科 ， 中医皮肤学科 。
医院坚持科技兴院，现有国家中医药管理局中医药科研实验室（三级）2个，即中药药理实验室（妇科）、分子生物学实验室，省级研究所1个（心肺病研究所）。“十五”期间临床医学院共立项168项，已完成95项，在研71项。其中国家自然科学基金项目3项；高等学校博士学科点专项科研基金项目1项；国家中医管理局科研基金项目6项；黑龙江省自然科学基金项目15项；省攻关科研项目16项；市科委科研基金项目21项；省教育厅科研基金项目16项；省中医局科研基金项目29项；中医药大学科研基金项目61项，总计获得科研经费430.6万元。共获得各级成果奖53项。其中省政府二等奖5项；三等奖14项；国家级学会科技奖三等奖4项；厅局级一等奖6项；二等奖11项；三等奖13项。 黑龙江中医药大学附属第二医院是黑龙江针灸、推拿、康复的龙头单位，全国中医中风病医疗中心建设单位，是黑龙江省平安建设“平安医院”，黑龙江省卫生系统民主评议医院行风工作“最佳单位”，黑龙江省“百家信得过医院”和三好医院。
医院坐落于哈尔滨市南岗区果戈理大街，占地面积7000平方米，设有内、外、妇、儿、针灸、推拿、康复、骨伤等40余个临床科室，开放床位500张，日最大容诊可达2000人次。
医院现有职工总数667人，其中正高职38人，副高职72人，中级职称133人；具有博士学位人员25人、硕士学位人员89人。黑龙江省名中医15人、黑龙江中医药大学名中医15人。医院拥有的针灸推拿学科为省级A类重点学科和国家局级重点学科，中医妇科为省级重点学科，中医康复学科、中医骨伤学科、中医推拿学科、中医肝胆病学科，中医风湿病学科为省局级重点学科；脑病科、康复科为国家局级重点专科，中风病、颈肩腰腿痛、风湿专病为省局级重点专科。医院具有一级学科博士授权点3个、一级学科硕士授权点4个、二级学科博士授权点17个、二级学科硕士授权点28个。主持承担各级科研立项322项，获各级科研成果奖49项，其中“针刺项颈部腧穴治疗真性延髓麻痹的临床应用研究”项目荣获国家科技进步二等奖，真正结束了真性延髓麻痹不能治愈的历史，开创了中医针刺方法治疗疑难危重症的又一个领域，其学术水平居国内外领先地位，并发展了中医科学针灸学术理论。
医院在专科专病建设上，已形成“院有优势，科有特色，人有专长，病有专药”的发展格局，并在颅脑损伤、中风偏瘫、延髓麻痹、脊髓损伤、截瘫、股骨头缺血性坏死、老年骨关节病、颈腰椎疾病、肝胆病、心血管病、周围血管病、糖尿病、风湿病、肿瘤、不孕症、盆腔包块、小儿厌食症、咳喘病等的预防保健、治疗康复等领域取得了成功经验。
前进中的医院，正以其出色的医疗质量、特色的医疗服务、优秀的管理模式、先进的教学方法、创新的科研成果培养名医、创建名科、开发名药、打造名院，立足于省内，面向国内外，全面推进医院发展建设；团结奋进、朝气蓬勃的全体二院人，也正以严谨的科学态度，开拓求真、博采创新，弘扬中医药国粹文化精髓，拓展现代中医风采，竭诚地为人民的卫生事业贡献力量!
