秦始皇二十八年（公元前219年），秦始皇第二次出巡，大队人马在泰山封禅刻石，又浩浩荡荡前往渤海。抵达海边，秦始皇登上芝罘岛，纵情浓览。只见云海之间，山川人物时隐时现，蔚为壮观，尤令秦始皇心驰神往。
这种景象，本来是海市蜃楼，但方士为迎合秦始皇企望长生的心理，将其说成传说中的海上仙境。
徐福乘机给秦始皇上书，说海中有蓬莱、方丈、瀛洲三座仙山，有仙人居住，可以得到长生仙药。秦始皇大为高兴，随后根据徐福的要求，派童男、童女数千人随他出海求取仙药。
既已，齐人徐巿等上书，言海中有三神山，名曰蓬莱、方丈、瀛洲，仙人居之。请得斋戒，与童男女求之。於是遣徐巿发童男女数千人，入海求仙人。
他本人也在此流连忘返，等候徐福佳音。然而，等来的只是徐福空手而归。徐福自称见到海神，海神以礼物太薄，拒绝给予仙药。
对此，秦始皇深信不疑，增派童男童女3000人及工匠、技师、谷物种子，令徐福再度出海。秦始皇则不肯离开，一直等候3个月，不见徐福消息，才怅然而回。
其后几年中，秦始皇又派燕人卢生等入海寻求仙药，也是一无所获。
秦始皇三十七年（公元前210年），秦始皇第五次出巡，再次来琅琊。
当年徐福入海寻找仙药，已经九年过去，一直未来归报。当即派人传召徐福，徐福连年航海，耗费很大，担心遭到重谴，奏告秦始皇：“蓬莱仙山确实有仙药，出海时常遇大蛟鱼阻拦，所以不能到达。请派弓箭手一同前往，见到大蛟鱼用连弩射击。”
秦始皇下令入海时带足渔具，自己也准备了连弩。海船由琅琊启程，航行数十里，经过荣成山，再前行到芝罘时，果然见到大蛟鱼，当即连弩齐射，大蛟鱼中箭而死，沉入海底。秦始皇认为此后当可无虞，又命徐福入海求仙药。这次，秦始皇再也等不到徐福音讯了。
方士徐巿等入海求神药，数岁不得，费多，恐谴，乃诈曰：“蓬莱药可得，然常为大鲛鱼所苦，故不得至，愿请善射与俱，见则以连弩射之。”
始皇梦与海神战，如人状。问占梦，博士曰：“水神不可见，以大鱼蛟龙为候。今上祷祠备谨，而有此恶神，当除去，而善神可致。”乃令入海者赍捕巨渔具，而自以连弩候大鱼出射之。自琅邪北至荣成山，弗见。至之罘，见巨鱼，射杀一鱼。遂并海西。
当年秦始皇病死于沙丘（今河北世鹿东南），而徐福“得平原广译，止王不来，”一去再也不回了。
徐福能将秦始皇骗得一愣一愣的，除了胆大包天的胆子外，跟秦始皇自以为超过了三皇五帝，和急于长生不老以享万世基业有关。
徐福的运气也是不错的，逃跑的同年秦始皇因病驾崩，不然按照始皇的脾气，几年后还没有消息，必定派人东渡把他抓回来处以极刑。
徐福的事迹，最早见于《史记》的“秦始皇本纪”和“淮南衡山列传”，在秦始皇本纪中称“徐巿”，在淮南衡山列传中称“徐福”。
徐福带三千童男童女东渡，是我们耳熟能详的故事，更有很多人认为，徐福后来去了日本，现在的日本人其实是我们中国人东渡日本后留下的后裔。
真正的事实是这样吗？
要弄清这一点，首先要确定徐福是不是东渡去了日本。
《史记》中记录徐福东渡之事比较多内容的是“淮南衡山列传”，其中包括徐福从东南到蓬莱，与海神的对话以及海神索要童男童女作为礼物等事，一般认为这是徐福对秦始皇编造的托辞，还记载了徐福再度出海携带了谷种，并有百工随行。
这次出海后，徐福来到“平原广泽”（可能是日本九州岛），他感到当地气候温暖、风光明媚、人民友善，便“止王不来”，停下来自立为王，教当地人农耕、捕鱼、捕鲸和沥纸的方法，不回来了。
“淮南衡山列传”与“秦始皇本纪”稍有不同，称徐福并未开始就带数千童男童女入海，而是寻访仙家多年未果的情况下，再度出海时率数千童男女出海。关于徐福所要寻访的蓬莱、方丈、瀛洲三座仙山，《史记》“封禅书”只是说在渤海中，并不能确定具体位置。而平原广泽在何处，更是不能考证。
《三国志》记载
《三国志》“吴书·吴主权传”、《后汉书》“东夷列传”也有提及徐福东渡之事。
《三国志》提到了徐福到达亶洲（一作澶洲）并滞留不归。在《三国志》的记载中，亶洲与夷洲在同在中国外海的东南方向，并相距不远。有人认为夷洲就是台湾，亶洲就是日本，与倭国是一个地方的两个名字。
《三国志》“魏书·倭人传”记载倭国“计其道里，当在会稽、东冶之东”，说明那时候中国人认为倭国在中国外海的东南方向。《后汉书》也是同样的记录。
《义楚六帖》记载
到了五代的后周时，济州开元寺僧人义楚在《义楚六帖》（又称《释氏六帖》）的卷二十一“国城州市部”的“城廓·日本”中，首次明确提到徐福最终到达的是日本（也叫倭国），今日的秦氏（日本古代渡来豪族）为其后代，仍自称秦人。并说徐福到达后，将富士山称为蓬莱。此为目前所知最早明确指出徐福滞留不归之地是日本的中国文献。
不过还有观点认为，义楚的记载很可能和日本的传说有关。因为义楚有一个日本醍醐天皇时代的僧人好友叫宽辅（法号弘顺大师，927年到达中国），义楚没有到过日本，关于富士山的记载很显然来自他的日本好友的说法。
《日本刀歌》
记载宋代欧阳修的《日本刀歌》明确指明徐福所滞留的地方就是日本，并且认为徐福东渡时携带了大量的典籍，才使得在中国遭秦始皇焚书坑儒的典籍在日本得以保留。但是这种说法的真实性难以考证。
《正统记》的记录
日本最早出现的徐福东渡到日本的记录是1339年日本南朝大臣北畠亲房所著的《神皇正统记》。
而成书于8世纪的日本典籍《古事记》和《日本书纪》只提到了秦朝人移民到日本的情况，没有徐福东渡的记载。有观点认为这是因为中国8世纪时尚未明确提出徐福东渡所到之地就是日本。
日本人认为徐福在日本的纪州熊野的新宫（今和歌山县新宫市）登陆，当地还有徐福墓和徐福神社，每年11月28日是祭祀徐福的日子。在日本徐福的传说中，日本人认为徐福带来了童男童女、百工、谷种、农具、药物及生产技术和医术，对日本发展起了重要作用，因此尊徐福为“司农耕神”和“司药神”。
徐福东渡是不是到的日本？
答案是肯定的。
徐福东渡，在2000多年前是空前的壮举。但由于徐福第二次扬帆东渡一去不归，致使这个航海事件带有神秘色彩。
秦始皇二十八年（公元前219年），这位一心想传位万世的皇帝在“南登琅邪”、“留三月”的海上巡游时，接到了齐人徐福等方士的上书，说海中有“三神山”，于是，秦始皇便“发童男女数千，入海求仙道”。秦始皇派出了一支多达三千人的庞大船队，去探求“三神山”。
徐福首次渡海的出发地，是在山东半岛南端的琅邪。琅邪是当时的一个古港，早在春秋时，这一带的航海家们就从这里出海，航达朝鲜半岛，而后顺半岛沿岸航行，经过对马岛到达日本九洲。
徐福第二次出海的始发港，由于尚没有找到史书详细记载而说法不一。徐福村人（赣榆村）传说是农历的十月十九日，从他的家乡赣榆下海。另一个说法是在山东崂山。还有一种说法是，徐福第二次出海走的仍是第一次的航线，也是在琅邪。这是根据《史记·淮南衡山列传》而得知的。
因为在《史记·淮南衡山列传》中称，徐福第二次航海时，诈称仙人索取“百工之事”，遂“资之五谷种种百工而行”。如据此推断，徐福有可能走的仍是上次的旧航路。不仅如此，而且也由此我们得知徐福二渡日本，带去了古代中国的“百工之事”，如汉字、中草药和水稻种植等许多文化和科学技术。
徐福东渡日本，促成了一代“弥生文化”的诞生。那时，日本还没有文字，也没有农耕。徐福给日本带去了文字、农耕和医药技术。为此，徐福自然成了日本人民心目中的“农神”和“医神”。这是随着考古及两国人民之间的交往逐步被发现和发掘的。
近年来，在日本福冈县板付的考古遗址中，又发现了碳化米粒遗存，经碳十四测定，与在朝鲜半岛釜山金海地区发现的碳化米为同一类型。说明在同一个历史时期，日本人民开始了农业生产，尤其是水稻种植。在同一时期，日本也开始使用青铜器和铁制生产工具以及丝织品等，而且开始有了文字。
所有这些，都与此前的日本绳纹文化没有任何传承关系。日本学界、考古界公认：弥生文化源于中国北方沿海文化。这也是日本文字为什么和汉字相似的缘由。
日本学者村新太郎著文，盛赞中国稻米传入日本的重大意义。他说：“稻米拯救了日本列岛饥饿的人们。无论如何稻米要比其他一切都值得感谢。米与牲畜、贝类不同，可以长久贮藏。不久，村落形成了国家。”稻米的传入，结束了日本的渔猎生活，开始了农耕。那么，日本始终把徐福奉为“农神”和“医神”当在情理之中。
一是，近年，据统计，在日本的徐福遗迹有五十多处。清代驻日使馆参赞黄遵宪写有“避秦男女渡三千，海外蓬莱别有天。镜玺永传笠缝殿，倘疑世系出神仙”一诗，并注有“日本传国重器三：曰剑、曰镜、曰玺，皆秦制也。”
日本新宫有徐福墓，还有1071字的墓碑。新宫市内更有制作和销售“徐福天台乌药”、“徐福寿司”、“徐福酒”等商品的。在速玉神社内，陈列着徐福所用过的鞍、蹬等物。新宫蓬莱山内还有“徐福神龛”，被称为“徐福之宫”。
每年都有“御船祭”、“灯祭”等，都是祭祀徐福的活动。传说日本还有500年一度的“徐福大祭”。
二是打开亚洲地图，今天的地图跟两千年前的地图相差不大，差的是古代跟现在因为朝代的更替，国家名字的称呼不同，徐福往东走的国家，只有朝鲜和日本，再往东走就是一望无际的太平洋了。