该派创立于11世纪,创始人昆·贡却杰布。其后，教主由昆氏(《元史·释老传》作款氏)家族世代相传。贡却杰布曾从卓弥译师学法，宋熙宁六年(1073)在今西藏萨迦奔波日山建萨迦寺传教。其子贡噶宁布，20岁即任萨迦寺住持。他佛学渊深，博闻多才，因使该派体系确立,势力发展，被称为“萨钦”（意为萨迦派大师），并尊为“萨迦五祖”的初祖。贡噶宁布有四子，次子索南孜摩继主萨迦寺，是为萨迦二祖。三子札巴坚赞为萨迦三祖，以严守戒律知名。四子贝钦沃布未出家，生二子，长子萨班·贡噶坚赞广学佛教经论，通晓五明，因而得“班智达”（大学者）称号。次子桑擦·索南坚赞之长子即发思巴(本名罗追坚赞)，为萨迦五祖。
1251年,八思巴与忽必烈会见于六盘山。1253年即随侍忽必烈。1260年忽必烈即位后，被封为国师。1264年以国师身份领总制院（1288年改称宣政院，为元朝管理全国佛教和藏族地区政务的机关）事。1265年返藏，1268年划分卫藏13万户，建立萨迦派政教合一地方政权。1270年以创制蒙古新字（即发思巴蒙文）有功，封帝师，升号大宝法王。1280年逝世后，由其异母弟仁钦坚赞（《元史》作亦怜真）嗣帝师位，以后历代相传，形成元代帝师世系。
14世纪中，该派在政治上失势，其地位被噶举派帕竹支系所取代。但自14世纪后半期起，该派又出现知名学者多人，使教法得以维持并有所发展。在显宗方面以雅处·桑吉贝和绒敦·玛微僧格两人最为著名。在密宗方面有俄尔巴·贡噶桑布和宗巴·贡噶南杰，被称为俄、宗二师或“二贡噶”。也有人认为密宗的代表人物应是雅、仁二师。雅即雅处·桑吉贝。仁，为仁达哇·宣奴罗追，此人学识丰富，宗喀巴及其弟子贾曹杰、克主杰，都曾从他学习。中观学说自他开始逐渐受到藏传佛教各宗派的重视，中观应成派，本来已渐衰微，经过他的努力，始得以重新发展，后为格鲁派奉为中观正见。
根据萨迦派史籍，昆·贡却杰布是吐蕃时期的贵族昆氏家族的后裔。特别使萨迦派引以为自豪的是，吐蕃赞普赤松德赞时的大臣（内相）昆班魄切的儿子、吐蕃时期的七觉士之一，昆鲁意旺布松，是昆氏家族中诞生的第一位出家僧人，也是藏传佛教史上产生的第一批僧侣之一。以此说明昆氏家族是一个具有悠久历史的信奉宁玛派的世家，曾为藏传佛教的形成和发展作出过重要贡献。
昆·贡却杰布的父亲叫释迦罗追，他还有一位名叫昆·若喜饶茨诚的出家为僧的兄长，他们都信奉宁玛派，特别是兄长昆·若喜饶茨诚学识渊博、持戒严谨、精通密法，既是当时昆氏家族中的教主，又是昆氏家族自信奉宁玛派教法以来最后一位大师。因此，藏传佛教史籍以昆若喜饶茨诚为界，此前昆氏家族信奉宁玛派，他之后从贡却杰布开始建立并信奉萨迦派。贡却杰布从小跟随释迦罗追和兄长昆若喜饶茨诚学习昆氏家族的教法传承，即宁玛派教法。然而，贡却杰布年长后，则对当时藏族地区流行的新密法很感兴趣。有一次，贡却杰布去参加在卓地方举行的大型庆典会，该庆典会不拘一格，热闹非凡，表演的节目名目繁多，使人眼花缭乱，但其中最引人注目的，则是那些咒师们表演的剧目，他们头戴二十八位自在母面具，手持各种法器，简直是一群女性装扮，甚而以散发天女这鼓舞姿态，在手舞足蹈或翩翩起舞。在整个庆典会上，咒师们别出心裁地向人们展示出一派异彩纷呈的景象。贡却杰面回家后，将看到的这些情景全告知兄长，并请教为何出现这种现象等问题。这是一种不祥之兆，以后修持旧密法者中很难产生德高望重的大师，也就是说，在佛教显密教法上有成就的法相学家或密宗大师，今后在修持旧密法的僧众中很难出现。因而咱们原先拥有的旧教典、旧法器，以及过去制定的佛教三宝等一切供养对象，均应自主地封闭，成为伏藏，开始吸纳新的密法，建立新的教法体系。然而，他们后来在付诸实施、封闭旧密法的过程中，大密马头明王和金刚橛二尊护法神，由于神秘莫测、法力无比而没能制伏封闭。也就是，萨迦派在重组神灵系统或重新选择神灵对象时，无法撤消马头明王和金刚橛二大护法神的神圣地位。所以，至今萨迦派依然供奉或修持这二尊从旧密续中一直传承下来的怒相护法神或本尊，同时还保持了白品日月姊妹施食仪轨。其中萨迦派向号称为白色护法神的日月姊妹神，抛掷朵玛食子等举行的宗教仪式，是萨迦派特有的一种季节性的宗教仪轨。
特别是当时昆·若喜饶茨诚劝告小弟贡却杰布，去亲近当时在后藏最为著名的卓弥·释迦益西，学习藏传佛教后弘期内兴起的新密法或新密续，以便为昆氏家族建立新的教法系统。后来贡却杰布实现了兄长的意愿，为昆氏家族创立了新的宗派，即萨迦派。
卓弥·释迦益西（1034——1102年），是藏传佛教后弘期中翻译新密续的大翻译家之一，他在藏传佛教后弘期的初期阶段，翻译了不少重要新密续，为藏传佛教新密续的建立，作出过巨大贡献故在藏传佛教史书中一般称其为卓弥译师。尤其是卓弥译师在萨迦派的历史上，更具有无与伦比的崇高地位。因为萨迦派最注重的核心教法，即道果法源自卓弥译师。在某种意义上讲，萨迦派的历史，其主线始终是道果法的历史传承。所以，叙述萨迦派的历史，尤其是疏理萨迦派的教法传承的历史，就得从卓弥译师开始讲起，才能顺理成章，脉络清晰。
贡却杰布遵循兄长的劝告，前往卓弥译师处学法。在途中遇到一位名叫钦译师的大德，便决定先在这位大德前学习新密法。贡却杰布向钦译师请求授予喜金刚灌顶，并讲授其密续。但未待密续授完，钦译师便不幸逝世。贡却杰布不得不直接赴后藏拉堆地方的聂谷隆寺，求教于在那里传授佛法的卓弥译师。最初贡却杰布在卓弥译师前，继续听讲在钦译师前未完成的喜金刚密续。之后，贡却杰布将自家的部分田地出售，买来十七匹马，连同一串作为饲草款的珍珠，一起献给卓弥译师作为传法的报酬，求授完整的大宝经论。卓弥译师给贡却杰布只讲授了部分大宝经论，而着重传授了密宗三续的经论部分。此外，特意传授了道果法。因而贡却杰布成为卓弥译师众弟子中最优秀的教法继承者。
贡却杰布在他四十岁那年，即1073年，在今后藏仲曲河谷边的波布日山脚的一块灰白色的土地上，兴建了座寺院。这就是著名的萨迦寺。“萨迦”一词为藏语音译，其意思就是灰白色的土地，寓意为：这是一方吉祥之土。贡却杰布以萨迦寺之中心，向以昆氏家族为主的信徒，开始传授新密法，并逐步建立以道果法为密法传承的新的教法系统，从而形成了藏传佛教萨迦派。
