据鲁迅的同学张协和回忆，矿路学堂“入学考试分初试及复试两场，都只是做文章，初试的题目我已忘却，复试的题目是《不以规矩不能成方圆论》。我和鲁迅就是经过这样的考试而入学的。”(张协和：《忆鲁迅在南京矿路学堂》)
和陆师学堂一样，矿路学堂也仿照德制。除德文外，还有格致、地学、金石学、算学、地理、历史、绘图和体操等课程。这个学堂聘请了洋教习三人，专门盖了洋教习楼。
鲁迅在矿路学堂学习了三年。矿路学堂上课，主要是抄笔记。教师把整本的书抄在黑板上，让学生抄在笔记上。鲁迅专心致志，抄得既快又好。鲁迅手抄过讲义《几何学》、《开方》、《开方提要》、《八线》与《地质学笔记》等。王冶秋在1942年写的《辛亥革命前的鲁迅先生》一书中说：“他曾手抄汉译赖耶尔的名著《地学浅说》两大册，图解精密，抄摹实在不易。”
据江南陆师学堂章程规定：一等学生方禀请总督发给《执照》，二、三等学生只发给《考单》。鲁迅以一等第三名的优异成绩毕业于矿路学堂，才荣获《执照》。其中写道：矿务铁路学堂“选募聪颖子弟，到堂学习矿学、化学、格致、测算、绘图等项，现届三年毕业”。“学生周树人，现年十九岁，身中面白无须，浙江省绍兴府
会稽人，今考得一等第三名。”《执照》中开列的矿学等7门功课的成绩都在85分以上。
为鼓励学生用功学习，校方规定，每星期作文一次，凡获得第一名者赏三等银牌一个；每月月考一次，名列第一名者赏三等银牌一个。四个三等银牌可以换一个二等银牌，四个二等银牌可以换一个三等金牌。由于鲁迅勤奋刻苦、锐意新学，因而学业优异，名列前茅。年龄最小的鲁迅是矿路学堂同学中唯一用四个银牌换得一个金牌的人。金牌到手之后，鲁迅总是拿了去换钱买书看，买点心花生米请大家吃。
鲁迅不满足课内的学习，课外常跑到
夫子庙状元境（今立新巷）去买书看。有一次，花了500文钱，买了一本
严复译述的赫胥黎宣传
达尔文进化论的书
《天演论》。
鲁迅在南京学堂的日子并不好过，20岁左右仍然“没有余钱制衣服，以至夹裤过冬，棉袍破旧得可怜，两肩部已经没有一点棉絮了”。（许寿裳
《亡友鲁迅印象记》）
生长发育期间，由于经常食不果腹、营养不良，有时不得不以辣椒佐米饭进餐，所以体形瘦弱矮小，且落下胃病的顽疾，严重影响了鲁迅一生的身体健康。