拼多多退1000块保证金的方法是：首先，商家需要登录自己的拼多多商家后台，进入账户资金-保证金页面，点击提现按钮，就可以将保证金提现至绑定的银行卡中。
保证金提现需要满足一定的条件，如店铺没有订单纠纷、没有发布违规信息等。如果商家有未完结的订单或售后问题，需要先解决完毕才能提现保证金。
在提现过程中，商家需要确保提现账户信息的准确性，避免因信息错误导致提现失败。同时，商家需要注意提现手续费的标准和计算方式，确保提现金额的准确性。
总的来说，拼多多退保证金的流程比较简单，只需要商家在后台进行简单的操作即可。但是，在提现前需要确保店铺没有未解决的问题和纠纷，否则会影响提现的进度和结果。