浙江省示范性高等职业院校建设计划的资金管理方案分为省财政专项资金和项目院校及举办方自筹资金两部分。省财政专项资金总额为2亿元，分3年逐步到位，根据评审结果进行拨付。项目院校需自筹资金，至少与省财政投入资金比例达到1:1，并在第一年投入达到配套总额的50%，后两年需按省财政拨款进度及时到位。
项目院校需科学编制建设项目的总预算和年度预算，专项资金预算需纳入学校总体预算，且专项资金使用需明确。省财政资金主要用于以下方面：
项目院校自筹资金用于重点专业和公共基础平台建设，禁止用于基础设施建设或专职人员引进。专项资金的支付需遵循财政管理规定，专款专用，并由项目院校负责全程管理，确保资金按照计划使用并接受监管。
凡涉及政府采购的支出，必须按照《中华人民共和国政府采购法》进行规范程序。项目收支情况需纳入年度决算，专项资金只能用于示范院校建设项目，不得用于贷款偿还、捐赠等其他无关支出。所有财政资金形成的资产属于国有资产，项目院校需妥善管理，合理使用。
地方性规章。浙江省教育厅和财政厅2009年6月5日联合下发，目的在于规范和加强浙江省示范性高等职业院校建设计划（以下简称“建设计划”）项目管理，保证建设计划顺利实施。《办法》共六章二十三条，涵盖了管理职责、申报评审、组织实施、资金管理和监督检查与验收等示范性高等职业院校建设各个方面，是各部门开展相关工作的规范性文件。