我们先对京九线做一个简单介绍，无论是京九铁路（因为京九铁路早就在1993年-1995年修建完毕）还是京九高铁（还没有全线贯通）不选择开封的原因基本相同，京九高铁和京九铁路路线几乎平行，都是中国重要的纵向铁路干线，途经北京、雄安新区（高铁）、衡水、邢台、聊城、濮阳、济宁、菏泽、商丘、亳州、阜阳等地；
回到问题本身，为什么京九线没有从开封过，分析有以下几个原因：
1、平面位置：
（1）与京广线间距过近： 开封距离郑州只有60多公里，而郑州是京广与徐兰（徐州到兰州）高铁，京广与陇海铁路的交汇枢纽，而同样作为南北大动脉，京九线不选择开封就很容易理解了，与京广线间距过近；
（2）辐射范围有限： 与开封相比，商丘是河南省最东面地级市，全省的均衡发展是大势，京九线经过商丘，商丘作为交通枢纽的作用更加明显，可以辐射周边的范围，对河南省的经济发展带来的的积极作用非常明显；而如果经过开封，则辐射范围有限；
2、不利的地质条件：作为基建狂魔，虽然现在修建铁路已经驾轻就熟，但是地质条件依然也是线路的选择的因素之一，而时至今日，黄河在开封境内，依然是地上悬河，这种不利的地质条件可能也是不选择经过开封的因素之一；
3、 八朝古都:开封是中国的七大古都之一，地下文物众多，在城市下面，有6座被黄河决堤埋入地下的城池（这也是城摞城的由来），而现在修建高铁都是高架线路，都采用的桩基础，深入地下几十米，可能会对存于地下的文物和城池造成破坏；
4、交通条件：开封的交通相比较河南其它城市而言，条件较好，境内公路体系发达（连霍、大广、兰南、郑民等高速公路、106国道、310国道纵横交错），境内又有陇海铁路，距离新郑机场也只有七十多公里（开港大道和轻轨都可直达），这些相对便利的交通条件对于大力发展旅游开封来说，已经能基本满足需求；
5、城市定位：2006年郑开大道通车和电话区号统一正式开启了郑汴融城的序幕，2014年郑开轻轨运行加快了郑开一体化，经过十几年举全市之力的发展，开封西区变化很大（主要是房地产业的发展，但房价也翻了几倍），看着每天早晨川流不息的车流，来往于郑州和开封之间的人员何止万人，郑州的虹吸效应可见一斑，作为中原城市群的一员，开封彻底沦为了郑州的后花园，成为了吃喝玩乐的卫星城，从1000多年前的世界第一大都市，沦为卫星城，落差不可谓不大，有这样的城市定位，京九高铁怎么可能会选择开封；