体制内的科级属于承认的最低管理层级，享受相应的政治、工作和经济待遇。由于管理体制的层级差异，在部委、省直、市直、县直、乡镇等五个层级，其科级待遇均略有差异。
第一，在部委、省直层面。
部委和省直的平台很高，最小的管理单位是处室。所以，副处级是领导干部的起点。在这里，科级属于职级序列，比如一、二、三、四级主任科员。大家在科级的职级序列里，基本上属于平行而进。一旦进入处级，需要面临非常激烈的竞争。
部委、省直的科级人员，在政治待遇上，由于不属于领导，平时不用参加有关的会议，如果未经授权一般不会出席有关的官方活动；在工作待遇上负责某一领域的具体工作，如起草文件等；在经济待遇上享受对应的科级职务职级待遇，包括各类津补贴、目标考核奖等。
目前，在部分省份的省公安厅、财政厅、农业农村厅等省直机关，为了管理精细化的考虑，也设置了部分科室，比如农村处综合科等。所以，也有了部分科级领导干部。
第二，在市直层面。
此处我们讨论普通地级市（正厅级）的市直机关范畴。在市直机关，最小的管理单位是科室。所以，科级就是科室的负责人，已经算是正式的领导干部。
在这里，科级干部由于处于承上启下的层级，所以平时比较繁忙。
在政治待遇上，属于单位中层干部，平时要出席有关的单位党委（组）会、月度例会，阅读、批转处理有关的文件，具有一定的签字权限；在工作待遇上，要带领科室人员完成单位交办的各项任务，平时注重抓组织、协调，不抓具体事务；在经济待遇上，享受科级领导职务待遇，以及车补等，目标考核奖的系数也要比相应的职级主任科员高。
第三，在县直层面。
县直机关指的是县教育局、财政局等类似部门。这里的科级就是各单位的领导人员，也就是通常所说的“局长”、“副局长”等。在县直，科级干部数量比较多，其拥有的各种隐性资源也比较多，是典型的实权人物。
在政治待遇上，县直的科级至少是单位副职起步，可以代表单位出席有关的活动、发表有关言论；在工作待遇上，主要听取各部门（股级）工作汇报，督促开展各项工作任务，如果到各乡镇调研，也能得到乡镇副职领导的陪同，需要定期到党校参加各类培训以增强领导能力；在经济待遇上，享受本地科级待遇。
第四，在乡镇层面。
乡镇的科级主要包括乡镇正职（正科）、副职（副科），以及明确为副科级领导干部的党政办主任、财务所所长等。由于乡镇的天花板就是正科，所以这里的科级就是“诸侯”，特别是乡镇正职（正科）、副职（副科），在本区域内拥有十足的话语权，肩负十分重要的责任。
在政治待遇上，乡镇的科级干部处于本区域的“顶端”，属于领导层面，居于中枢地位；在工作待遇上，主要通过决策、部署等形式行使相应职权，代表本乡镇出席有关活动；在经济待遇上，享受县级科级领导干部的有关职务待遇，以及所在乡镇特有的津补贴或补助等特殊政策。