以《爱莲说》中“莲之出淤泥而不染……亭亭净植”等语与对勘，可清楚看出，周敦颐笔下的莲花形象，一样在泥不染，香洁、清净、柔软、可爱，和华严宗的莲花喻之间有着无法割断的联系，甚至可以说，《爱莲说》就是上引文字的翻版！借用钱钟书先生的一句话，传颂一时的《爱莲说》，其实是拾诸佛教经典的“牙慧”。
当然，如果把《爱莲说》的深曲用意理解成弘扬佛法，“道学宗主”，周敦颐决不会认同。理学主张入世，佛学宣扬出世，二者泾渭分明逾越不得。然而，众所周知，周敦颐的理学思想，实质上是传统儒释道思想的混血儿。人们从《爱莲说》中，正可看到佛学对理学的浸染和渗透。释氏对莲花的赞美之所以引起周敦颐的共鸣，是因为佛家之莲花喻，可拿来为理学的道德论所用。净染问题是理学家性论中的一个重要问题。人性本自清净，但有染污。染污有二：一为俗染（生理要求），一为惑染（邪见障蔽），故须“灭染成净”。这一点上，理学佛学并无二致。怎样做到入世而不受染污呢？周敦颐认为，关键在“无欲”，“无欲则净虚动直”（《通书·圣学》）。“月明露冷无人见，独为先生引兴长”（朱熹《爱莲诗》），倒是朱文公心有灵犀，看出了理学开山祖师何以对莲花情有独钟。
《爱莲说》摄取了佛家思想的外壳，寄寓着理学的道德标准，其主旨，是为周敦颐心目中的“理君子”造像。“出淤泥而不染，濯清涟而不妖”，是说君子处尘世，不蒙尘垢，修身洁行，不妖不媚。“中通外直”，是说君子不受“俗染”，“净虚动直”。“不蔓不枝”，是说君子不受“惑染”，不入歧途。“香溢远清，亭亭净植，可远观而不可亵玩”，则是说君子声名远播，卓然傲世，令人向慕，不可狎侮。“莲，花之君子者也”，这一句是文章的核心，作者借助莲花意象，正是为了阐明理学家的道德观。这，无疑就是所谓“高洁志趣”的真正内涵。
为什么《爱莲说》字里行间要贬低陶渊明之“爱菊”呢？简言之，作为象征人生的文学作品中的意象，“花之隐逸”的菊在表现理学观念（如仕隐矛盾、人生哲学、生活态度等）方面已显得乏力，而清圆、雅致、温馨的莲花意象，更能反映宋代士大夫的心态，更能表现理学家对人生意义的探求思考。至于“盛爱牡丹”的芸芸众生所表现的世俗化情趣，更是被作者断然否决，因为它与理学道德观大相径庭。
《爱莲说》带有明显的思想局限。但是，长期以来，一般读者按照自己的感受欣赏这篇文字清新的短文，常以脱离了具体的语境的“出淤泥而不染”一语赞美那些志趣高洁者。对该文产生的这种社会审美效应，自然无可厚非。但是，今之赏析家们，有意无意回避作者创作的主观意图，甚或歪曲作品蕴含的真实思想，这恐怕有悖于一向标举“文所以载道”（《通书·文辞》）的濂溪先生的创作初衷吧！
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