理学发展到南宋时期，终于迎来了一位集新儒学思想之大成的哲人，他就是南宋中期学术成就昀高、影响昀大的一代名儒朱熹。朱熹，小名沋郎，字元晦，号晦庵，祖籍南宋江南东路徽州府婺源县，出生于南剑州尤溪。朱熹受教于父，他的父亲朱松曾得充福建政和县尉小官，携全家赴任，后调任尤溪县尉。朱熹降世不久，朱松升任朝廷秘书省正字职，但因反对秦桧主和，被逐出朝廷。
朱松回到福建建阳家中。朱熹随父在建阳度过了他的童年。朱熹从小聪慧过人，且勤于思考，学业大进，8岁便能读懂《孝经》。他入学之后跟从老师读书，老师便教他读《孝经》，他看过一遍，就在书上写道：“不能像这样去做，就不能算作一个人！”
朱熹14岁时，父亲去世，他从父命受学于父亲的友人胡宪、刘勉之等。胡宪、刘勉之所授的皆为道学。当时的道学家一部分排佛，一部分醉心学佛，胡宪、刘勉之等皆属后者。朱熹既热衷于道学，同时于佛学也有浓厚兴趣。
1148年，经过科举考试，朱熹进士及第，授予左迪功郎、泉州同安主薄，开始了仕途生涯。
1160年，朱熹31岁时，正式拜程颐的三传弟子李侗为师，专心儒学。李侗非常欣赏这个学生，替他取字“元晦”。从此，朱熹开始建立理学这一套客观唯心主义体系。
在宋金关系紧张之际，朱熹上奏皇帝，提了3项建议：一是讲求格物致知之学；二是罢黜和议；三是任用贤能。
朱熹的奏章获得了宋孝宗的赞赏，他召见了朱熹。朱熹由此声名鹊起，更为人所关注。1167年，八月金秋，秋高气爽，朱熹偕学生林用中、范念德从福建赶赴湘江畔的长沙城。一路上，朱熹一行无暇他顾，渡过湘江，赶往岳麓书院，与张栻会讲三月。考虑到所讨论的问题的重要性，朱熹和张栻决定采取会讲的方式，公开辩论，以求得更大范围的解惑。会讲的主要议题是“太极”和“中和”。朱张会讲，盛况空前，学生多达千人之众，其声势为全国之昀。据说，岳麓书院的走廊、庭院到处都是前来听讲的人，他们骑来的马匹，竟然将大门前水池中的水都喝干了。
朱张会讲，双方你来我往，辨析质疑，议论风声。会议持续三天，三天里，许多重要的儒学概念，如“中和”、“太极”、“仁”，都在讨论之列。
一人先立论陈述，另一人则指出其不足，前一人或辩驳，或补充，如此循环往复。会讲妙语、妙论迭出，令听者大呼过瘾，并为之拍案叫绝。会讲中，朱熹接受了张栻的部分观点，而张栻也接受了朱熹的部分观点。这次会讲对扭转湖南学风起到了重大作用，从此后，湖南学者逐渐抛弃了急迫争强好胜之风，开始注重涵养，心态日趋平正。
会讲后，四方学生接踵而至，岳麓书院地因人重，名扬天下，大批游学的士子前来研习理学。自此之后，儒学才去短集长，臻于成熟。
1180年，张栻不幸离世，弟子转投他人门下，书院一时寥落。1194年，朱熹任湖南安抚使，重整岳麓书院，亲自讲学。岳麓书院东山再起，再度繁荣。
1175年，朱熹与吕祖谦、陆九渊等会于江西上饶铅山鹅湖寺进行学术讨论，是为著名的鹅湖之会。鹅湖之会的讨论中心是道德修养和“教人之法”等，讨论一开始，就充满了十分激烈的气势。双方你来我往，相互提问，相互诘问，此次辩论持续了3天，不分胜负。
双方的差异主要在教人的方法上。朱熹的治学方法是“道问学”，通过格物致知，以博览群书和观察外物来启发心智。而辩论的另一方陆九渊则主张“尊德性”，要“发明本心”，认为一味读书穷理，不过如同蛆虫吞食书本，对人认识自己的本心毫无裨益。可以说，双方各有优胜之处，需要相互融通互补。
鹅湖之会虽无定论，朱熹和陆九渊的分歧也没有弥合，但这种良性的学术互动，对理学发展却产生了推动作用。朱熹讲学以穷理致知、反躬践实以及居敬为主旨。他继承二程，又独立发挥，形成了自己的体系，称为程朱理学。朱熹在从事教育期间，对于经学、史学、文学、佛学、道教以及自然科学，都有所涉猎或有著述，著作广博宏富。
朱熹学说的昀高范畴是“理”，他认为“理”是宇宙万事万物的本原。理在天地之先就有了。有了“理”才生出天地，要是没有理就没有天地，也没有人物，而“理”又是永恒不变的。
朱熹认为“理”相当于“道”，是无形的。“气”也是“理”产生出来的；“气”再生万物。关于“理”与“气”的关系，“理”在“气”中，“气”体现了“理”。“理”与“气”两者是相辅相成的，分不开的，故天下之物莫不有“理”。
朱熹所说的“理”相当于周敦颐所说的“太极”，朱熹认为天地之中有“太极”，万物之中也有“太极”。这就是说，天地万物都有“太极”，也即只有一个“理”。他说：太极只是天地万物之理，在天地来说，则天地中有太极；在万物来说，则万物中各有自己的太极。即总的说来，天地万物之“理”，就是“太极”，它本身只有一个，但它又体现在天地之中，因此万物之中也有它。
朱熹用“一月映万川”作比喻，形象地说明了这个问题。他说“理”或者“太极”，就如天上的月亮一样，只有一个，但体现在万事万物之中，就像月亮映在无数江河湖泊里一样，到处都能看得见。
朱熹使儒家的伦理规范上升为宇宙之理，获得了形而上学的普遍性和至上性。他对“理”的宇宙本体地位从理论上展开了比其他宋代儒学更加精密的论证。
在二程思想基础上，朱熹进一步论证天理与人欲。对于儒家道统，他解释为要真正掌握恰到好处的道理，就是要达到无过无不及。
朱熹肯定了二程“性即理”的人性论，认为人性是先天赋予的，从这个角度看，人性是没有不善的，但实际上人有善与不善的区别。朱熹认为，其原因在于各人所禀受的“气质”有清浊的不同，禀受其清者性善，禀受其浊者不善。
朱熹的哲学思想具有辩证法的因素，他看到了某些矛盾运动的现象，比如人的呼吸运动：如果只往外呼气而不吸气的话，就会气绝；如果只吸气，而不往外呼气的话，也必然会阻塞。这就是矛盾双方的相互依存。
朱熹也认识到事物有逐渐变化的规律，从而提出了阴阳互相消长的渐变说。他认为，任何形气的变化都不是突然发生的，不是突然的前进，也不是突然的亏损。比如，平时经常见面的人，并不会感觉到对方长得很快。
朱熹还把事物的发展分为“元亨利贞”四个阶段。他以谷的生长为例说，萌芽是元阶段，苗是亨的阶段，穗是利的阶段，结谷是贞的阶段。然后谷子又能再萌芽，以至于循环无穷。他把发展归结为无限的循环，从而堕入循环论。
朱熹的新儒学思想远承孔孟，近学二程，同时吸收佛、老哲理方法，融入儒学，形成儒学思想的成熟理论形态。宋明理学发展到朱熹，已趋于成熟阶段，此后便走向衰落和瓦解。
朱熹总结了以往唯心主义在与唯物主义作斗争时的经验教训，把我国的唯心主义哲学推向了一个新的高度，虽然在他以后，不乏优秀的唯心主义理学家，但从思想深度和高度来看，没有人超过他。
在南宋以后，朱熹的理学成为各个封建王朝的御用儒学思想，他所作的《四书集注》成为各朝开科取士的金科玉律。