在广东省东江西江北江韩江流域的水资源管理中，第四章专门针对流域水资源的保护制定了一系列规定。首先，第二十条强调在水资源规划和调度中，流域管理机构和相关政府部门需确保各河段保持合理流量，水库及地下水保持适宜水位，同时维护水体的自然净化功能，保护水环境的稳定性。
第二十一条规定，流域水功能区划由省水行政主管部门与环保部门及相关部门共同制定，经省人民政府批准后公布并由流域管理机构监督执行。任何情况下，未经批准的变更都是不允许的。水功能区划包含名称、范围、水质状况、功能目标和管理措施等内容，是水资源开发、利用和保护的依据，禁止任何活动影响其确定的保护目标。
第二十二条进一步细化了对水质和排污的管理，流域管理机构和各级政府水行政主管部门根据水功能区的要求，对河流纳污能力进行核定，并向环保部门提出限制排污总量的建议。同时，他们需定期监测水质，一旦发现超标排放或水质不符合标准，需报告政府并通报环保部门，以采取必要治理措施。
在排污口的建设方面，第二十三条规定，干流及三角洲河道的排污口需经流域管理机构批准，而支流范围内的排污口则需经地方水行政主管部门同意，并由环保部门负责环境影响评价文件审批，以确保对环境的影响在可控范围内。
最后，第二十四条规定，流域管理机构和各级政府水行政主管部门要加强水资源信息管理，建立有效的水情水质通报机制，确保水量水质信息的共享，并公开以提高透明度，促进水资源的合理利用和保护。
《广东省东江西江北江韩江流域水资源管理条例》经2008年9月26日广东省十一届人大常委会第5次会议通过；根据2012年7月26日广东省十一届人大常委会第35次会议通过的《广东省人民代表大会常务委员会关于修改〈广东省民营科技企业管理条例〉等二十三项法规的决定》第2次修正。《条例》分总则、流域水资源规划、流域水量分配和调度、流域水资源保护、法律责任、附则6章29条，自2009年1月1日起施行。