虽《三国志》记载三国时代吴国曾派军登陆夷洲，《隋书》则有隋炀帝派兵攻打流求国的记载。但并无任何资料可证明这些中国古籍所载地名是今日的台湾。
中国汉族在澎湖群岛在13世纪开始定居，但与原住民部落的敌对和贸易资源的缺乏使其没有吸引力，但依然有少数冒险家或渔民与其从事贸易，直到16世纪。
西元十一世纪，已经开始有中国宋王朝汉人在澎湖群岛开垦。宋孝宗乾道七年（1171年），正式驻兵澎湖群岛，隶属福建路晋江县。1225年赵汝适所著诸蕃志提到「泉有海岛，曰澎湖群岛，隶晋江县。」，正式确认澎湖群岛属南宋版图。
1281年（元世祖至元十八年）元军东征日本因台风失败，迂回琉求国，道经澎湖设澎湖巡检司，企图进取琉求国，作为征日本之准备，然使者仅至澎湖而返。该地方区划隶属於福建泉州府，主官为澎湖寨巡检。澎湖巡检司不但是澎湖群岛的首次行政区划，也是台湾的首次官署设置。
1622年，荷兰东印度公司试图将澎湖建立成一个贸易前哨站，但被明朝击退。1624年，原占领澎湖的荷兰人和明军签约，放弃其在澎湖的经营，转而登陆台湾南部。
以反清复明为口号的郑成功经过九个月的苦战，攻下「热兰遮城」，怀念故乡闽南的郑成功将它改称安平城，赓续的战役迫使东印度公司台湾长官揆一於1662年2月1日（黄历12月13日）签字投降，撤离台湾，自此南台湾归为明郑治理，建立了台湾历史上第一个汉人政权。
1683年郑军水师在澎湖海战为清军所败，郑克塽被迫投降。清廷官员虽曾建议放弃台湾，但康熙帝仍将台湾划入大清帝国版图，归福建省管辖，称为「台湾府」。
台湾本岛真正首次纳入中国版图为清朝
康熙23年(1684年)正式将台湾纳入版图
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