根据上述职责，省政府办公厅设16个内设机构。
（一）秘书一室
负责省政府主要负责同志政务活动的安排和服务，承担为省政府主要负责同志服务的相关工作，承办省政府主要负责同志交办的事项。
（二）秘书二室
负责发展改革、科技、财税、金融、监察、人力资源和社会保障、机构编制、经济和信息化、审计、统计、物价、国土资源、住房和城乡建设、环保、地震、外事、侨务、对台事务、民政、工商管理、旅游、海关、出入境检验检疫、交通运输、质量技术监督、商务、邮电、电力监管、烟草、物资储备、安全生产监督管理、国有资产管理、农业、水利、林业、卫生、食品药品监督管理、人口计生、气象、供销、粮食、扶贫等方面的文电办理、专题会务、工作联系及调研等相关事宜。
（三）秘书三室
负责信访、教育、文化、体育、广播电视、新闻出版、地方志、民族宗教、公安、司法、国家安全、人防、政府法制、发展研究、档案、妇女儿童、残疾人工作、省直机关事务管理、行政教育、参事文史、省政府驻外机构等方面的文电办理、专题会务、工作联系及调研等相关事宜；联系军队、统战等方面的工作。
（四）省政府督查室
承担省政府重要工作部署和中央领导、省政府负责同志批示事项的督办工作；审核目标管理单位年度目标任务，组织实施督查和考核；联系省人大、省政协，牵头承办省人大和省政协的议案、建议、提案等需要省政府办理的有关工作。
（五）省政府应急管理办公室（省政府总值班室）
负责省政府值班工作，及时报告重要情况，传达和督促落实省政府领导同志指示；组织开展应急预案体系建设，协助省政府领导同志做好有关应急处置工作；办理省政府应急管理方面的专题文电、会务和督查调研工作。
省政府应急管理办公室（省政府总值班室）设应急一处、应急二处，均为正处级建制。
（六）省政务公开办公室
负责组织协调全省政府信息公开工作，承担行政审批、招投标服务工作，办理政务公开等方面的专题文电、会务和督查调研工作，对外挂“安徽省政务服务中心”和“安徽省招投标服务中心”的牌子。
省政务公开办公室设综合处、业务一处、业务二处，均为正处级建制。
（七）综合处
负责机关日常工作的协调和督办，负责机关会务、公务接待和综合文稿起草等工作，负责省政府领导同志秘书的日常联络工作。
（八）文电处（保密办）
负责文电收发、分办、催办、审核、印制和印鉴管理、保密、机要、档案工作，负责指导下级机关公文处理等工作。
（九）会务处
负责省政府全体会议、常务会议、党组会议、专题会议等的会务和会议纪要整理工作，负责以省政府名义召开的会议审核和会务组织工作。
（十）联络处
负责省政府接待任务的安排，统一负责省政府领导同志集体活动的组织服务工作，负责省政府驻外办事处的工作联系。
（十一）信息处（政务信息化管理中心）
负责政务信息的编发、分析和新闻联络工作；负责全国政务信息专网安徽网站和省政府政务信息网的建设、管理工作，指导全省政府系统电子政务建设，负责省政府办公厅政务信息化工作和办公自动化日常维护管理工作。
（十二）省政府公报编辑室
负责省政府公报的编辑、发送、宣传、利用等工作。
（十三）人事处
负责办公厅机关和直属事业单位的机构编制、人事管理等工作，承办厅党组会议的会务工作。
（十四）行政处
负责省政府领导同志的服务事务和机关大院的行政后勤管理等工作。
（十五）财务处
负责机关财务管理，指导直属事业单位财务工作。
（十六）保卫处
负责省政府机关和宿舍区的安全保卫等工作。
离退休工作处负责机关离退休人员的服务管理工作，指导直属单位离退休人员的服务管理工作。
机关党委负责机关和直属单位的党群工作。
省纪委（监察厅）派驻省政府办公厅纪检组（监察室）按照《省纪委省委组织部省编办省监察厅关于对省纪委省监察厅派驻机构实行统一管理的实施意见》的规定履行职责。
