如果是要在纯DOS中运行U盘内的文件首先确认U盘是否FAT16或FAT32，NTFS是不支持的。
在U仔中安装PE系统，进入MSDOS选纯DOS模式，无硬盘一般C盘，如果有硬盘（若占了前3区，即是F盘）。如果不是，请试试A、B盘（不同的PE，启动顺序可能不同）。
调用U盘里的启动文件之后，用的不是U盘，而是电脑的缓存，认盘也得看DOS，一般的DOS是不支持NTFS文件系统的，如果硬盘分区是FAT32的，会一并认到的。如果用的PE里那么硬盘分区是NTFS也都认的。
扩展资料：
U盘版的DOS启动盘制作方法：
USBOOT制作：把USBOOT程序解压缩出来，再把优盘插上，按照下面的步骤就可以把优盘制作成DOS启动型的（注事先备份优盘中有用的数据）。
一、USBOOT运行后
1、选中优盘。
2、点击蓝色的字选择工作模式。
3、建议选择ZIP模式。
1）HDD模式和FDD模式建议在ZIP模式不能正常工作时再试用。
2）ZIP模式是指把优盘模拟成ZIP驱动器模式，启动后优盘的盘符是A。
3）HDD模式是指把优盘模拟成硬盘模式。
4）FDD模式是指把优盘模拟成软驱模式，启动后优盘的盘符是A:，这个模式的优盘在一些支持USB-FDD启动的机器上启动时会找不到优盘，所以请酌情使用。
4、点击《开始》，开始制作。
5、出现下面这个对话框时，确保你的优盘中数据已没用，再选择【是】。
6、启动盘制作时出现下面的提示，请按正常程序拔下优盘：
1）Win9x系统：可直接拔下优盘。
2）Win2000、XP、2003系统：双击任务栏右侧红色圆圈内的《安全删除硬件》图标，正常卸载优盘。
7、请再次插上优盘。
8、稍后就会出现下面这个成功的提示，说明你的优盘已经是可启动基本DOS的了，点击右上角的×关闭USBOOT。
二、将前面下载的MAXDOS压缩包，把里面的所有文件释放到优盘的根目录下，注意必须是根目录。
三、至此，已经有了一个功能不错的DOS启动优盘了。
四、用这个优盘启动计算机：将优盘插入主板USB接口（最好将其他无关的USB设备暂时拔掉），重启电脑，在系统自检的界面上按Del键进入BIOS。
设置（如果是特殊BIOS，请参考主板手册后确定按哪个键进入BIOS），进入BIOS FEATURES SETUP中，将Boot Sequence（启动顺序）设定为USB-ZIP（或USB-HDD、USB-FDD，请与你制作的优盘工作模式对应。
参考资料：百度百科-u盘启动