协奏曲是歌剧以外莫扎特在音乐创作上贡献最为突出的体裁之一。他一生写了50余部各种独奏乐器与乐队的协奏曲。这些作品在巴洛克协奏曲的基础上，确立了18世纪古典主义协奏曲的结构原则：3个乐章对比并置的套曲结构（第一乐章奏鸣曲式，第二乐章是类似咏叹调式的抒情乐章，第三乐章具有舞蹈性或通俗性格），双呈示部；独奏乐器有技巧性的华彩段等。这些协奏曲加强了独奏乐器的地位，强调了它不同于协奏乐队的音乐性格。莫扎特的这些成就，使协奏曲不再片面表现技巧，而具有了与交响乐同样深刻的意义。莫扎特是近代协奏曲形式的创始人。如果说，海顿的交响曲和四重奏是18世纪下半叶音乐的高峰，那么莫扎特的协奏曲（尤其钢琴协奏曲）则是当时无人能与之比拟的。
在莫扎特的协奏曲中，钢琴协奏曲占有突出的地位。他一共写了27部，其中代表作有D小调（K．466，1785）、C小调（K.491，1786）（这两首协奏曲具有强烈的戏剧性和哲理的因素）、A大调（K.488，1786）等。此外，还有7首小提琴协奏曲，其中G大调（K.216）、D大调（K.218）、A大调（K.219）3首（均写于1755）比较突出。在管乐协奏曲方面，《A大调单簧管协奏曲》（K.622，1791）也很出色。其他还有圆号协奏曲、长笛、竖琴协奏曲等。