中国中医科学院中国医史文献研究所是一个专注于医学史和中医文献研究的机构，设有多个专门的办公和研究部门，包括所长办公室、科研教育办公室、医学史研究室、中医文献研究室、民族医学研究室、古籍数字化研究室、术语与工具书研究室以及医药文物研究室，后者还拥有中国医史博物馆。研究所的工作涉及广泛，如国家知识产权战略的“中医知识产权保护与利用”研究，以及国家中医药管理局中医非物质文化遗产保护工作委员会和全国科学技术名词审定委员会中医药学名词审定委员会的相关工作。同时，它还是《中华医史杂志》、中华医学会医史学分会、中华中医药学会文献分会、中医药史分会和中国药学会药史专业委员会的挂靠单位，体现了其在学术领域的权威地位。
研究所目前有42名工作人员，其中18位是高级职称的科研人员，他们凭借丰富的专业知识和经验推动着各项研究的进展。研究所珍藏了大量的图书资源，藏书量达到5万余册，以及1000余件珍贵的医药文物，为学术研究提供了丰富的原始资料和实物支持。
中国中医科学院中国医史文献研究所正式建立于1982年5月28日，隶属于中国中医科学院，上级主管单位为国家中医药管理局，2005年科技体制改革被纳入国家中医药科研创新体系，编制50人，是我国唯一的国家级医史文献研究机构。是全国医史文献研究中心，是国家中医药管理局中医医史文献学科重点建设单位。