哈尔滨商业大学的食品工程学院历史悠久，其发展轨迹可以追溯到1958年。当年，学院初创阶段为土特产品系，设有食品商品和土特产品两个专业，专注于中专教育。经过一年的调整，1961年，系名改为了农副产品系，增添了食品商品和公共饮食业与技术两个本科专业，开始招收食品专业的本科生。
1964年，系名再次变更，称为食品商品系，专业方向继续深化。1981年，专业名称正式改为食品加工专业，标志着学院在专业领域有了更明确的定位。四年后的1984年，食品工程系成立，设有食品工程和制冷及食品冷冻工程两个本科专业，同时开始与天津轻工学院合作，共同培养食品工程领域的硕士研究生。
1986年，学院取得了食品工程专业的硕士学位授予权，学术研究能力得到显著提升。1993年，随着全国本科专业目录的调整，食品科学与工程专业应运而生，专业名称反映了学院在食品科学领域的深入研究。2001年，食品工程系与制药工程系、化学教学中心合并，形成了食品与药物工程学院，进一步拓宽了学院的学科领域。
2003年，经过院系结构调整，食品工程学院正式独立设立，标志着学院在专业发展和学术研究上的进一步巩固。2006年，学院又取得了食品科学专业的博士学位授予权，为培养更高层次的科研人才奠定了坚实基础。
食品工程学院始建于1958年。下设食品工程教研室、食品安全教研室、生物工程教研室、环境工程教研室和化学教研室；食品工程研究所；省高校食品基础化学实验教学示范中心和分析检测中心；食品科学与工程实验室。拥有“食品科学与工程”、“生物工程”、“食品质量与安全”、“环境工程”4个本科专业， 一个“食品科学”二级学科博士学位授权点，一个“食品科学与工程”一级学科硕士学位授权点和一个“发酵工程”二级学科硕士学位授权点。1996年，食品科学学科被国内贸易部确认为部级重点学科，2000年又被黑龙江省评定为省级重点学科。