关于日本列岛上被确认过的人类历史，大约可追溯到3万年乃至10万年前。
约1万2千年前左右，因末次冰期结束而开始急剧温暖化，使得人们的文化与生活产生极大变化，全岛进入下个绳文时代。约1万2千年前左右开始被称为绳文时代。分为草创期、早期、前期、中期、后期、晩期这6期。这个时候的人们制作绳文式陶器、早期以后迈向定居化，大部分住在半地穴式房屋（竖穴式住居）。使用弓箭狩猎、贝冢渔捞、采集植物等经营生活，使用打制石器、磨制石器、骨角器等等。也进行栽培，后期到晩期间种植稻。
在日本神话中，太阳神天照大神的后裔神武天皇于公元前660年建立日本国并即位为天皇。
弥生时代
伴随着渡来人的移入，日本在弥生时代初期出现了陶器、铁、铜器以及水田等文化，使日本逐渐成为一个农业社会。弥生时代中期，位于九州的奴国国王向汉朝朝贡，并获赐金印。
到了公元2世纪后半期，各小国内战频繁，直至3世纪中叶才出现较大的“大和国”，后经过长期的扩张，并且逐渐征服了日本中部大部分地方，其首领最初称为“大王”，后来改称天皇。
古坟时代
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