有一种说法是，从朱元璋开始并没有找到沈万三什么罪名看，沈万三的致富似乎并没有什么违法行为。这种说法只是某种推测，不过沈万三大概也明白树大招风的道理，所以想主动报效以保平安。当他得知京师（今南京）要筑城墙，就主动承担1/3的费用，还表示愿意捐资犒赏军士。
谁知祸从天降，朱元璋大发雷霆，要将沈万三处死：一个平民百姓竟敢劳军，这不是要造反吗？
幸亏马皇后劝阻：我听说法律只杀违法的，不能杀不吉祥的。沈万三一介平民却富可敌国，是他自己不吉祥，这种人老天爷会降下灾祸，何必由陛下去杀呢？朱元璋这才免他一死，发配云南。沈家的财产自然全部被查抄，据说光田地就有数千顷。
要是沈万三不主动捐款劳军，其他罪名也会按到他头上。在朱元璋眼中，沈万三富可敌国就是罪。欲加之罪，何患无辞，总之要将他的财产全部归“公”（应读为专属皇帝的“私”）为止。元朝中叶，沈万三的父亲沈佑由湖州路乌程县南浔镇(今浙江省湖州南浔区)沈庄漾村[1] 迁徙至周庄东垞，后又迁至银子浜。沈万三在致富后把苏州作为重要的经商地，他曾支持过平江(苏州)张士诚的大周政权，张士诚也曾为沈万三树碑立传。明初，朱元璋定都南京，沈万三助筑都城三分之一，朱元璋封了他两个儿子的官;在南京还建造了"廊庑一千六百五十四楹，酒楼四座……"，有了舒适的住宅;但不久，沈万三被朱元璋发配充军，在云南度过了他的余生。
沈万三在沈庄、周庄、苏州、南京、云南都
留下了足迹。沈万三始终把周庄作为他立业之地;"万三住宅在蔫西北半里许，即东庄地及银子浜、仓库、园亭与住宅互相联络"(《周年镇志》卷二)，"万三家在周庄，破屋犹存"(明·杨循吉《苏谈》)。尽管他受到张士诚、朱元璋的封赏，但他不愿离开这块宝地。元，王行字止仲，吴县人，沈万三延为西宾，每一文成，沈酬金一镒"(《周庄镇志》卷六·杂记)，可见，他连自己的子孙都要留在这块富裕之地，不惜重金加以培养，使沈家久盛不衰。
沈万三本名沈富，字仲荣。其父，乃自湖州路乌程县南浔镇迁徙至平江路长洲县东蔡村的沈佑。沈万三之弟名沈贵，字仲华，又号"沈万四"。沈贵二子:长沈德昌;次沈汉杰，生於延佑七年，卒於洪武四年。沈万三，元末明初人。俗称万三。万三者，万户之中三秀，所以又称三秀，作为巨富的别号。万三是对他的一种社会称呼，他本名富，字仲荣，是元末明初江南第一富家，也是全国首富。如果大家到过古镇周庄，在您对古城秀色称赞不一的时候，或许您没有想到，周庄就是因为有了沈万三，才成为江南著名的古镇的，不但是周庄受惠于他，南京城的建城，沈万三还有一半的功劳，因为是富可比国的他因为朱元璋的眼红而被逼出资与明朝共同建成了南京城的。
昆山文管会陈兆弘在"明代经济史学术讨论会"上发表自的《明初巨富沈万三的致富与衰落》一文中说沈万三的发家，是从自己的勤劳垦殖开始的。"其先世以躬稼起家……大父富，嗣业弗替;尝身帅其子弟力穑"，说明沈万三依靠垦殖发富，他有了立业的根本。以后沈万三得到了汾湖陆氏巨资，使其财富的积累更上一个层次。"沈万三秀之富得之于吴贾人陆氏，陆富甲江左…尽与秀"。(《周庄镇志》卷六.·杂记)。经过原始积累，并且他得到了陆氏巨资后，一方面继续开辟田宅:另一方面他把周庄作为商品贸易和流通的基地，利用白砚江(东江)西接京杭大运河，同时开展"国际贸易"也就是"通番"赚取了巨大财富。
据《吴江县志》载，"沈万三有宅在吴江二十九都周庄，富甲天下，相传由通番而得"。著名历史学家吴晗也说:"苏州沈万三一豪之所以发财，是由于作海外贸易。"他是通过垦殖而积累原始财富的，接着善于利用别人的金钱，并大胆地"竞以求富为务"，开展对外贸易活动，扩大资本。从而使他迅速成为"资巨万万，田产遍于天下"的江南第一豪富。周庄"以村落而辟为镇"，也实为沈万三之功。关于沈万三富豪事，民间甚至传说他有一只聚宝盆等等，由此反映出他财富多到不可胜数，生财聚财技巧高超。至今，苏州、南京、镇江和浙北、安徽一带仍广泛流传着关于沈万三的发财、豪奢、田产、经商以及家庭生活诸方面的许多故事、传说。
《明史》里也有好几处提到沈万三，其中一处在大脚马皇后的传记里写得明白:吴兴(今浙江湖州)的富民沈秀，也就是沈万三，帮朱元璋修筑了三分之一的南京城，又请求出资犒劳军队。朱元璋发怒说:"匹夫敢犒劳天子的军队，绝对的乱民，该杀。"马皇后进谏说:"你老婆我听说法律这个东西，是用来诛杀不法之徒的，但不是用来诛杀不祥之人。老百姓富可敌国，是老百姓自己不祥，不祥之民，苍天必然会降灾祸给他，陛下又何必再杀他。"朱元璋听了有些解气，饶过沈万三没杀，把他流放到云南去了。
正史如此说，自然许多人相信。老百姓善良，不太愿意一个财富传奇老死边陲，就编造故事说他在云南得道成仙，康熙年间还有人在到处散播奇遇，说自己在云南见到了长生不死的沈万三。
不过很可惜，传说当不得真，正史说的，也并不见得就一定正确。《明史》为清人编撰，出于政治目的抹黑明朝的文字随处可见，但史实告诉我们:沈万三其实是个地地道道的元朝人，生于元朝，死于元朝。
乾隆年间编纂的《吴江县志》里说，"张士诚据吴时万三已死，二子茂、旺秘从海道运米至燕京"。编纂者的史料来源是明代人莫旦撰写的《吴江志》。莫家和沈家是儿女亲家，莫旦说的话，《吴江县志》的编纂者自然不敢怠慢，但钦定的正史已经出版发行，他们也不敢推翻，所以只好在后面加上一段注释:莫旦说张士诚占领吴会的时候沈万三早已经死了，但《明史》里又说沈万三帮高皇帝(朱元璋)修南京城，请求犒劳军队，被高皇帝抄家流放，谁对谁错，我们也搞不清楚。
里面出现的李时珍原型就是李时珍了吧，这期间，李时珍非常积极地从事药物研究工作，经常出入于太医院的药房及御药库，认真仔细地比较、鉴别全国各地的药村，搜集了大量的资料，同时他还有机会饱览了王府和皇家珍藏的丰富典籍，与此同时他也可能从宫廷中获得了当时有关民间的大量本草相关信息，并看到了许多平时难以见到的药物标本，使他大大开阔了眼界，丰富了知识领域。谈到这一点，就必须联系到明代宫修的另一部著名本草书籍——《本草品汇精要》。
李时珍是在距此事约50年左右进入太医院任职的，他不可能对前朝旧事一无所知。而此时孝宗后继位的明武宗已逝，明世宗也已出任皇帝30余年，对故去的疑案未必再加关心，所以封藏在宫中的《本草品汇精要》有可能在不公开的情况下得以窥见，因此不能排除李时珍在太医院工作期间很幸运地看到了此书。也正是由于这个原因，促使他意欲编著一部能超出此书的新本草专著，而在太医院的工作环境是不可能满足他的想法、实现愿望的，因为李时珍淡于功名荣禄，所以在太医院任职没有太长时间，就托病辞职归家了。
海瑞的祖先原籍福建，南宋时有个名叫海俅的人，从福建迁移到了广州，海俅的重孙海逊子在明朝开国之初是广州卫指挥(正四品武官名)。海逊子的儿子海答儿于1383年(洪武十六年)从军来到海南岛，就在琼山县落了户籍。海答儿的儿子海宽，中举后曾任福建松溪县知县。有子侄海澄、海澜、海翰、海鹏、海迈五人，其中海澄官至四川道监察御史，其他还有三人中过举人。唯独海瑞的父亲海翰无所作为。