2009年8月16日，福州东南眼科医院的金山新院门诊综合楼（北）主体工程顺利封顶。这一重要时刻吸引了福州市卫生局和仓山区卫生局等相关部门的领导参与。东南眼科医院院长赵广健表示，新院的规模相比现有医院扩大了八倍以上，预计将于明年上半年投入使用。届时，新院将更好地满足福州地区乃至全国各地，包括海峡两岸的眼科医疗需求，为广大的眼疾患者提供更为优质的医疗环境和医疗服务。
同年5月4日，东南眼科医院的团委获得了台江区团委颁发的2007-2008年度“红旗团委”荣誉称号，体现了医院在青年工作上的优秀表现和对社区服务的承诺。
为了庆祝5月12日国际护士节，医院护理部策划了一场展现人性化护理理念和规范化护士礼仪的比赛。2009年5月2日晚，全院护士们精心准备，利用业余时间进行了细致的排练。比赛现场，个人和集体竞赛轮番上演，展示出东南眼科医院护士们的青春活力、团结协作精神。经过近两个小时的激烈竞争，护士礼仪竞赛圆满落幕，取得了优异的成绩。
福州东南眼科医院是三级眼科专科医院，是国家重大公共卫生项目“百万贫困白内障患者复明工程”和福建省委、省政府为民办实事“光明行动”项目的定点医院、福建省红十字光明天使行动定点医院、福州市慈善定点医院、福州市低视力康复部、福建省眼镜协会验光配镜技术培训和鉴定基地、省市两级科普教育基地、福州市青少年学生第二课堂，是福州市医学会眼科分会挂靠医院。医院现有医务人员390多人。建筑面积3万平方米，设置床位300张，配备15间层流净化手术室，是全国规模最大的眼科医院之一。